成績優秀な高校生・夜神月は1冊のノートを拾う。それは死神リュークが落とした、“名前を書いただけで人を殺せる”ノート、『デスノート』であった。半信半疑で、ノートに立てこもり犯の名前を書き込んだ月は、実際に犯人の死を目撃し、恐怖を覚える。だがやがて、自分か〓理想とする社会を作るため、デスノートを使って凶悪犯を粛清していく決心を固める。 一方、犯罪者が次々と死んでいく不可解な事件を解決するため、世界の迷宮入り事件を解決してきたLという謎の人物が動きだす。テレビを通じ「犯人を絶対に捕まえる」と宣言したL。ここから、2人の壮絶な戦いが始まっていく…。

名前を書かれた人間は死ぬという「デスノート」。その持ち主の死神リュークは、名前を書いては人間を殺すという毎日に飽き飽きしていた。そこで、代わりに人間に名前を書かせることを思い立ち、天界から人間界にノートを落とす。果たして、ノートを拾ったのは成績優秀な高校生・夜神月だった。半信半疑でノートを使った月はその威力に恐怖するが、やがて自分が理想とする社会を作るため凶悪犯の粛清を決意。人知れず犯罪者たちを死に追いやっていく。やがて月は、一部の人々から救世主キラとしてあがめられるようになる。 一方、この不可解な事件を解決するために、警察は世界屈指の名探偵Lに捜査を依頼。キラに警察の捜査情報が漏れていることに気付いたLは担当刑事・夜神総一郎の息子、月に注目する。月は捕まる前にノートにLの本名を書き殺害しようと画策。2人の熾烈な戦いが始まる。