「こんなに早起きするなんて、まーた好きな男ができたな？」 超なまいきな妹ぽっぷのツッコミにぐうの音も出ないまま学校へと向かう春風どれみ。魔法に憧れる自称「世界一不幸な美少女」！・・・「結局好きな先輩に告白できなかった・・・魔法が使えれば・・・」しょげかえったどれみがとぼとぼと知らず知らずの内に足を向けたのは、「マキハタヤマリカの魔法堂」という変わったお店。そこでどれみは、いかにも魔女、というような格好をしているその店の女主人マジョリカの正体を「もしかして・・・魔女？」と見破ってしまう。するとなんと、マジョリカは奇妙な魔女ガエルの姿になってしまった！魔女ガエルになってしまったマジョリカは、どれみに責任を取ってお前も魔女になれとせまる。魔女ガエルになった魔法使いは、正体を見破った者の魔法でしか元の姿に戻れないのだ。・・・ひょんなことから魔女見習いになった３人の少女、どれみ、はづき、あいこ。学校と「ＭＡＨＯ堂」というお店を舞台に、３人が一人前の魔女になるためのマジカルでミラクルな修行の毎日が続く・・・。