この世は人間界、魔界、獣人界から成り立っており、三千年に一度超神がこの三界を統一して永遠の国を創るという。獣人・天之邪鬼はその瞬間を見ようと超神を追って人間界へやってきた。そして横浜の名門校・名神学園のヒーロー・尾崎こそ超神と信じ、自ら天野と名乗って身辺を探っていた。新体操部キャプテン・明美は男子生徒の憧れの的。同級生の南雲も秘かに恋していた。ある日明美は保健室で妖鬼に犯されるが、天野がそれを退けた。明美は南雲が助けてくれたと思い、二人の仲は深まっていく。尾崎は超神の片鱗を見せたかと思われたが、天野の前にあっさりと屈してしまった。天野の妹・恵は南雲が超神ではないかと見抜くが、彼は恐るべき二面性を持っていた。南雲は明美と青春を謳歌しつつ陰では超神と化し女を襲い、町を破壊していた。魔界からは超神を狙って水角獣がやってきていた。超神伝説に疑いを持った天野が獣人界へ戻り未来をのぞくと、超神のため都市は破壊されていた。水角獣も超神ナグモの前では歯が立たなかった。そして天之邪鬼は子分の黒子が犠牲になったのに怒り、超神ナグモに戦いを挑むのだった。

西暦2400年代、地球人類は紋章族（ハルマ・クフツ）との戦いに敗れ、現在はその占領下にあった。紋章族の救助中だった戦艦テトラスケリオンは、狂った機械生命オートマトンに支配された紋章艦に奇襲され、ガロリイ、ニコライ、ジェニングスのみが生き残るが、ジェニングスは第二次攻撃で死ぬ。 ガロリイは戦力増強のため、救助した紋章族の少女アルテアを呪文で目覚めさせる。ガロリイとアルテアは敵紋章艦の中枢にいるオートマトンの破壊のため、ニコライは生存者救出のため、それぞれ敵紋章艦に突入する。