2100年人類滅亡!? 色とりどりの光がきらめき浮遊している無重力の空間――「知識の箱」。 デュアルとドロシーはそこで敵と戦っていた。 敵、それは世界を侵食する存在――ウイルス。 ウイルスに汚されてしまったデータは消去しなければいけない。 それが彼女たち 「アンチウイルスプログラム」 の使命だった。 「知識の箱」 には、地球上のあらゆる時代やさまざまな場所が記録 (バックアップ)されていた。 そのデータを収集している存在こそが「マザー」。 「ViOS」というこの世界をつかさどるシステムの中で動いている環境管理プログラムだった。 人類の死滅した世界で「マザー」はデータを集め続けていたのだ。 あるときデュアルとドロシーは、ウイルスに襲われているひとりの少女を救う。 「リモ」と名乗る少女は記憶のほとんどを失っていた。 デュアルとドロシーは、リモの正体を探すために、 この 「知識の箱」をめぐりはじめる。 「マザー」の真意とは? ウイルスがなぜ発生するのか? リモの正体とは? 一一旅の果てに少女たちは真実を目撃する。

「話をしようと思う。俺と、美遊の……これまでの話を」 世界は滅びに向かって進んでいた。 その歩みを止められるのは、〝聖杯〟たる美遊の犠牲のみ。 世界か、美遊か——。 〝世界の救済〟を掲げるエインズワースが突きつけられた問いに対し、イリヤが出した答えは、両方救うという単純な〝ワガママ〟だった。 戦いは小休止を迎え、一行は美遊と士郎が育った家に身を寄せる。 団らんのなか、士郎は、美遊との過去を話し始めた。 あらゆる願いを無差別に叶える神稚児だった美遊。 士郎は、切嗣と暮らしていた家に、身寄りのない彼女を引き取った。 それから、5年。二人は本当の兄妹のように平穏な暮らしを送ってきた。 しかし、そんな日常は突如として終わりを告げる。 美遊の生家へと訪れた二人。その前に、美遊を“奇跡”として希求する樹里庵が姿を現し——。 美遊と士郎、エインズワースの因縁が、ここに語られる。

戦いの裏に秘められた真相が明らかに！ 最新研究と本格ドラマでよみがえる激戦絵巻。

エインズワースとの激闘からひと時の休息。美遊を救出したイリヤたちは、平行世界の衛宮士郎から美遊の過去、この世界で起きた聖杯戦争のことを知らされる。それは美遊の悲しい運命であり、美遊のために兄・士郎が命を賭して歩んだ壮絶な戦いの物語だった。人類の救済のために美遊を犠牲にするエインズワース。美遊のために世界の敵となると決めた士郎。相容れない２つの正義に、すべてを守ると誓うイリヤ。「助けるよ。私はみんなが助かる道を探すって決めたから！」大切な人たちと笑いあえる明日を作るために―。魔法少女たちの戦いが、再びはじまる……！