ジェイムズ・リンクス、49歳。地球と火星の間を飛ぶ地球人の運び屋である。彼はある日、名指しである荷物の移送を依頼される。それは意志を持つ女性型オービタルフレームのドロレスだった。しかし、エンダー号に乗り込んできた検閲官に紛れていた謎の刺客に襲われ、ジェイムズはドロレスに乗って戦うハメになってしまう。無実の罪である検閲官殺しの汚名を着せられ、地球中で手配犯になってしまう。

未来世紀――荒廃しつつある地球を捨てた人類は、宇宙にスペースコロニー国家を作り生活していた。各国では宇宙での大規模な戦争を避けるため、ガンダムファイトと称し、地球をリングに各国の代表としてガンダム同士を闘わせ、優勝した国にその後4年間の主導権を与える制度を発案する。 そして未来世紀60年、ガンダムファイト第13回大会が開催されようとしていた。自己再生能力を持つデビルガンダムとともに逃亡した兄キョウジを追うドモン・カッシュは、クルーのレイン・ミカムラとともに各地をさまよいながら、ネオジャパン代表のガンダムファイターとしてガンダムファイトを続けていた。 その旅の途中で、後に"シャッフル同盟"として仲間となるチボデー、サイ・サイシー、ジョルジュ、アルゴと拳を交えお互いを認め合い、信頼できる仲間となっていった。 また、行方不明となっていたドモンの師匠にして、最強の格闘家である東方不敗マスター・アジアとも再会。しかし、それがドモンにとっての悲劇の始まりだった。