ボンドは中南米某国のトロ将軍に変装し、将軍が管理する高性能偵察機を破壊すべく侵入する。本物の将軍に見つかり一旦は拘束されるが、CIA女性アシスタントのビアンカの誘惑で敵兵を惑した隙に超小型ジェット機（通称：アクロスター）で逃走。地対空ミサイルに追尾されるものの、前述の偵察機の格納庫内をすり抜けた直後にミサイルが格納庫を直撃、結果的に任務に成功する。 その頃、東ベルリンでピエロに成りすましサーカス団に潜入していた009は『レディーの卵（ファベルジュの卵）』（ロシア皇帝献上品）を持ち出したのを見つかり、投擲ナイフを特技とする双子の兄弟ミーシカとグリーシカにやられ、ベルリン英国大使館公邸に『卵』を持ち込み死亡する。

ある日、メインランドへ貨物列車を運んでいたヘンリーがソドー島で脱線事故を起こす。自分が一番大切な機関車だと自惚れるジェームスに腹を立てていたトーマスは、ジェームスが代わりに牽く予定だったヘンリーの貨物列車を牽いてメインランドの町ブリドリントンへ向かう。 しかしメインランドは広大でトーマスは道に迷い、やがて石炭を使い果たす。補給所を探していたところ、セオとレキシーという実験用機関車がいる場所へたどり着く。石炭を補給し再出発すると、キラキラと光り輝く建物が現れる。中に入るとそこは製鉄所で、フランキーとハリケーンという2台の機関車がトーマスを歓迎する。貨物列車をブリドリントンへ届ける仕事はハリケーンが引き継ぎ、トーマスは製鉄所で一夜を明かしたが、翌日から2台の態度が一変し、トーマスは仕事を引継いだハリケーンへの恩返しとして製鉄所で働かされることとなった。ある晩トーマスは製鉄所から脱出することに成功し、実験用機関車がいる場所へ戻る。一方、ジェームスはソドー島へ戻らないトーマスを探しに向かうが、道中で偶然出会ったフランキー達に製鉄所へ連れて行かれる。それを目撃したトーマスはジェームスもそこで働かせられると思い、実験用機関車達と力を合わせてジェームスの救出作戦を実行する。