モンスターズ株式会社は、住民全員がモンスターのモンスター・シティと呼ばれる町にあった。サリーと相棒のマイクら社員は毎晩町のエネルギー源である子どもたちの悲鳴を収集するために人間界へと出向いていたが、ある日、幼い女の子ブーが迷い込んで来る。何より人間の子どもに恐怖を抱いていたモンスターたちは、パニックに陥り……。

オーストラリア、グレートバリアリーフ。広大な海の中でカクレクマノミの400個の卵が孵化しようとしていた。しかし、無事に生まれたのは母親の命と引き換えに助かったたった1つだけ。父マーリンは、この子を“ニモ”と名付け、同じ悲劇を繰り返さないと誓い過保護なまでに大事に育てていく。そして6歳になったニモに、初めて学校へ行く日がやって来る。しかし、突然の悲劇がニモを襲う。彼は、人間のダイバーにさらわれてしまったのだ。打ちひしがれるマーリンだったが、陽気なナンヨウハギ、ドリーの助けを借りてニモを取り戻す旅へと出るのだった。

　1929年10月、アメリカは株の大暴落で大恐慌時代に陥った。それまで自動車ディーラーとして成功を収めていたハワードは、最愛の息子を交通事故で亡くし、妻にも去られてしまった。そんな彼は1933年、運命的に出会った女性マーセラと結婚。そして、乗馬の愛好家である彼女に影響を受け、競馬の世界に傾倒していく。やがて、彼はカウボーイのスミスを調教師として雇う。スミスは“シービスケット”と呼ばれる小柄で気性の荒いサラブレッドの潜在能力に目を付け、その騎手として気の強い男ジョニー・ポラードを起用するのだった。