ノラとネイサンが、何百万人もの命を脅かす謎の陰謀を阻止しようと奔走しながら、２人の関係をナビゲートする。二人はフリーヨンド（貧しい人々も使える無料のアップロード事業）をシャットダウンし、ついに本当の人生を共に歩むことができるのか？それともネイサンの頭が爆発するのは時間の問題なのか？一方レイクビューでは、ネイサンのバックアップコピーが起動し、イングリッドはこの２度目の恋のチャンスを逃すまいとする。ノラの同僚アリーシャは現実の世界に戻り、AI 教育を管理することでホライズン社での出世を果たし、新たな恋愛関係に陥る。そして、レイクビューでひとりぼっちになったルークは、楽園での滞在費を捻出するため、グレイ・ゾーンで働くことを余儀なくされる。

ギレルモ･デル･トロが満を持して世に送り出した話題のTVシリーズ! ドイツ･ベルリンから出発し、アメリカのジョン･F･ケネディ空港に着陸しようとしていた旅客機のリージス航空753便の機内で、貨物室に異変が起こる。その後、機体は無事着陸するが、全てのシステムはシャットダウンし、機内からは何の応答もなく753便は完全に沈黙する。調査に入ったCDC (疾病対策センター) のチームは、乗員乗客206名の死亡を確認し、4名の生存者を発見する。未知のウィルスによる感染なのか、バイオテロなのか? 現場に残るわずかな物証と生存者を手掛かりに、CDCの精鋭チームが未曾有の脅威から人類を守るため、謎の解明に挑む!