総統タブーに率いられた暗黒科学帝国デスダークが地球侵略に乗り出した。未来科学研究所を主宰する本郷博士は、地球の平和を守るためコンボイピューターを使って５人の若者を戦士として選び出した。世界的な探検家で登山家の赤間健一、東都大学将棋部キャプテンの黒田官平、アイスホッケー選手の青山三郎、動物園の飼育係･黄島太、新体操日本チームのエース･桃園ミキの５人は、古代文明の力と未来科学を武器に大戦隊ゴーグルファイブとしてデスダークに戦いを挑む。暗黒科学者･ザゾリヤ博士とイガアナ博士が作り出す合成怪獣を率いるデスギラー将軍との戦いは、２千年の眠りから復活した伝説の英雄･デスマルク大元帥の登場により、さらに熾烈を極める。超エネルギー･ハイトロンを手にいれたデスダークの攻勢に基地である研究所を失ったゴーグルファイブ。果たして地球の平和を守れるのか！？