CIAエージェントのイーサン・レナーは任務中に病で倒れ、医師から余命3カ月を宣告される。残された時間を別れた家族と過ごそうと決め、パリを訪れたイーサンだったが、思春期の娘ゾーイとの溝は深まるばかり。そんな時、謎の女エージェントのヴィヴィが、イーサンの病気に効果のある試験薬を提供するかわりに、現役最後の仕事として凶悪なテロリスト抹殺の任務を引き受けてほしいとと持ちかける。

内戦状態にある東欧モルドバで反乱軍鎮圧の任務にあたっていたアメリカ軍兵士が、姿の見えない奇妙な敵に襲われて変死した。真相解明のため現地に派遣されたクライン博士は、高性能カメラで敵の姿を捉えてその正体を見極めるべく、CIAの女性職員フランと共に特殊部隊に同行することに。しかし敵は肉眼で見えないだけでなく、超高速で移動する上に触られただけで即死、さらにマシンガンも手榴弾も効かないという恐ろしい存在だった。大量の敵に取り囲まれてしまったクライン博士たちは、決死の脱出を図る。

『フィフス・エレメント』から15年、リュック・ベッソンが再び未来を舞台に描くSFアクション超大作。コールドスリープによる管理で脱獄成功率0％を誇るMS-1。宇宙に浮かぶこの刑務所は、安全のための完璧なシステムを誇っていたはずだったが……。