スーパーマンが、メトロポリスでゾッド将軍と死闘を繰り広げてから2年。当時、現場に居合わせたブルース・ウェインは人知を超えた戦いで出た被害により友人や部下を失い、ゴッサム・シティでバットマンとして悪と戦う彼にとって看過できない事件だった。スーパーマンは世界各地で人々を救い続けていた。新聞記者クラーク・ケントとして過ごす日常では、同僚ロイス・レインとの仲もさらに深まっていた。大企業レックス・コーポレーション社長レックス・ルーサーは異星人とそのテクノロジーに強い興味を抱き２年前に墜落した宇宙船や異星人の遺体を独自に研究していた。

ブルース・ウェインは、スーパーマンの捨て身の行動に影響を受け、再び人類を信じるようになる。彼は新たな相棒ダイアナ・プリンスの手を借り、強敵との戦いに備えて準備を進める。バットマンとワンダーウーマンとしてお互い協力を約束した彼らは、共に戦ってくれるヒーローたちを集める。

ブルース・ウェインは、スーパーマンの犠牲を無駄にしないために、ダイアナ・プリンスと手を組み、迫り来る破滅的な脅威から世界を守るためにメタヒューマン・チームを結成することを計画する。

遠く離れた小さな星の片隅にある静かな農村に、マザーワールドの冷酷無慈悲な軍勢が侵攻。この危機を救える唯一の希望は、謎めいた過去を持つある女性に委ねられる。

固く結ばれた絆(きずな)、立ち上がる反乱者たち、そして生まれる数々の伝説。マザーワールドに反旗を翻したレベルズに決戦の時が迫る。