超人的な力を持つ"五行の刺客"であるカイは仲間を殺され、敵を討つためにバンコクへ。だが、カイは世界に迫る危機を知り、恐るべき古代の脅威に立ち向かう。

ビリーとジュリアン兄弟は故郷アメリカから逃げ、タイのバンコクでボクシングジムを経営しながら、その裏でドラッグビジネスに手を染めていた。ある日、兄ビリーが若い娼婦をなぶり殺しにした末、彼女の父親に殺害される。犯罪組織を仕切る兄弟の母親がアメリカから急行し……。

タイの村で、象と共に生活を送るカーム。ある日、動物密輸組織のボス、スチャートにより象のコーンがさらわれてしまう。コーンを取り戻す為にスチャートのもとへ向かうが、彼は何者かによって殺されていた。警察、スチャートの姪ピンピンは、現場に居合わせたカームを犯人と断定し追跡を開始する。複数の追っ手が迫る中コーンの居場所を見つけ出すが……。

ユリウス・カエサルがクレオパトラ7世に贈った〝世界で最も美しいジュエリー“・・・〈光の首飾り〉に〈真紅のルビー〉を埋め込んだ究極の宝物・・・【クリムゾン・ハート】。 それはかつて何者かによって盗み出され、以来、歴史の闇に消え去った。 そして現代。 ルビーと首飾りそれぞれの所有者=東洋・西洋を代表する2人の大富豪が互いの秘宝を狙い合っていた。 アジアの闇社会を牛耳るMr.プラムックと、かつて怪盗ルパンの相棒として名を馳せた老盗賊・ドーソン。 インターポールの銭形警部は、世界中の泥棒たちがドーソンの邸宅に集合するという情報を入手。 ドーソンは、大盗賊団=ザ・ワークスのリーダーであったが引退を表明し、その場で次期リーダーを発表するらしい。 次々集まる名だたる泥棒たちの中には、国際指名手配犯・ルパン三世の姿もあった。 そこにはルパンの仲間である峰不二子、マイケル・リーや、ドーソンの用心棒・次元大介も・・・ だが、この会合を混乱に陥れることを狙ったプラムックは、ルパンをライバル視するマイケルを操って、ドーソン暗殺に成功。 首飾りを手に入れて、ついに【クリムゾン・ハート】を完成させた。 ドーソンの遺志を継ぎ、秘宝奪還を誓うルパン。 そのありかは、地図に載らないジャングルにあり、地雷原と武装兵によって守られる難攻不落の要塞型セキュリティシステム―その名も【方舟(ジ・アーク)】。 ルパン三世は、次元大介、峰不二子、石川五エ門とともに、この「絶対不可能」なミッションに挑む!

暗殺の仕事から離れ、平穏な日々を送るビショップのもとに、かつてビショップを裏切り姿を消したままでいた兄弟子クレインから暗殺の依頼が入る。相手にしないつもりだったが、人質を取られて引き受けざるを得ない事態になる。フィクサーとして世界を裏で操る3人の武器商人がターゲットとして提示され、事故死に見せかける暗殺計画を進めるビショップ。しかし、クレインが計画遂行後に自分を殺そうとたくらんでいるのを知る。