ゴジラシリーズ第20作。「平成シリーズ」第5作。 未曾有のゴジラ被害に対応すべく、新たに設立された「国連Ｇ対策センター」は、メカギドラの研究によって対ゴジラ用の最終兵器メカゴジラの開発を始める。その頃、復活したラドンを調査するためベーリング海のアドノア島を訪れた国立生命科学研究所の五条梓たちは、そこで謎の巨大な卵を発見、日本に持ち帰った卵からベビーゴジラが誕生する。ベビーゴジラの存在を感知し京都に上陸するゴジラ。そのころ国連G対策センターは、日本に上陸したゴジラに対し、完成したメカゴジラで精鋭部隊Ｇフォースによる迎撃を敢行するが・・・。

時は槐暦元年。素乾国の皇帝が死に、新皇帝の妃候補が全国から集められることになった。緒陀県に住む14歳の田舎娘、銀河は妃の住む後宮を「勉強ができ、三食昼寝つきの楽しいところ」と思い、妃候補に志願。ものおじしない銀河は女大学での講義を優秀な成績でおさめ、見事正妃の座を射止めた。ところが折悪しく反乱軍の暴動が起こり、銀河は後宮軍を組織して反乱軍に立ち向かうことになる。

念願かなって、めでたく懐妊したみち子さん。定期検診につきそい出産に立ち合う伝助は、例によって仕事は二の次。また、伝助と一之助の良き仲間である太田丸の船長・太田八郎（中本賢）は、しっかり者の妹・町子（佐野量子）と幸せな日々を過ごしている。 ところが、鈴木建設営業三課に勤める一之助の甥・和彦（尾美としのり）は、仕事よりも趣味に生きる自由人の伝助に憧れ、浜崎家に出入りするうちに、町子と交際を始める。しかし、それが面白くない八郎は和彦と大ゲンカ。理解のない兄貴に反発した町子と和彦は、ついに駆け落ちしてしまうが・・・