国家錬金術師ばかりを狙った連続殺人事件が起きる中央 (セントラル) を訪れたエドとアル。犯人は正体不明ながら、額に十字傷を持つことから "傷の男 (スカー)" と呼ばれていた。兄弟も命を狙われ応戦するものの、圧倒的な強さの前に機械鎧 (オートメイル) を破壊され、絶体絶命となる。果たして二人はこの危機を乗り越え、元の身体を取り戻すことができるのだろうか。隠されたこの国の秘密と“約束の日”、そしてエドとアルの父親の過去。幾重にも重なる謎と真実が解き明かされ、物語は圧巻のフィナーレへ。最後に兄弟が出した答えとは…?

「祭り屋」と呼ばれる万博の主催者ブエナ・フェスタからの招待状を手にしたルフィたち麦わらの一味。導かれるまま会場に着くと、華やかなパビリオンが所狭しと並び、世界中から海賊たちが群がる、大きな盛り上がりをみせていた。そこには勢揃いした“最悪の世代”キッドやベッジ、ホーキンスにボニー、さらにはバルトロメオ、キャベンディッシュの姿も！全員の目的はただ一つ、万博の目玉「海賊王(ロジャー)の遺した宝探し」。　宝を手に入れ名を上げたい海賊たちによるお宝争奪戦の火蓋が切られた！　しかし、海賊たちが熱狂する万博の裏では、別名「最悪の戦争仕掛け人」フェスタの凶行が張り巡らされ、海賊たちを一網打尽にしようとスモーカーたちによる海軍の潜入捜査までもが動き始めていた―――。　時代の覇権を左右するお宝争奪戦が熱を帯びる中、突如、元ロジャー海賊団「“鬼”の跡目」と呼ばれた男ダグラス・バレットが乱入。　ルフィたちの前に恐るべき脅威となって立ちはだかる！　　事態の収束を諮る海軍は大将“藤虎”イッショウ、“黄猿”ボルサリーノ、さらには王下七武海“海賊女帝”ハンコック、“世界最強の剣士”ミホークをも召集し、狂乱する海賊と激突！加速する戦乱にはさらに“元王下七武海”クロコダイル、“革命軍参謀総長”サボ、“CP-0”ロブ・ルッチまでもが其々の目的のため姿を現した！　乱戦極まる様相に、遂に海軍は“バスターコール”を発動！　お宝争奪戦と海賊万博は予測不能の大混乱へと陥って行く！！

エドワード・エルリック（山田涼介）らはグラトニーに飲み込まれるも、人体錬成の考え方を応用し、脱出することに成功する。ところが、そこには「お父様」と呼ばれる、ヴァン・ホーエンハイムと同じ見た目の男（内野聖陽）がいた。エドたちはお父様が国土全体を使った錬成陣計画を企てていることを知る。