母親が元スパイと知った双子の姉レベッカと弟セシル。世界の時間を止めて過去にさかのぼり、世界征服をたくらむ最強の悪党タイムキーパーの暴挙を阻止するため、敵の手にある秘石クロノスサファイアを取り戻そうと、双子姉弟がスパイキッズとして立ち上がる。＜世界最強のスパイを両親に持つスパイキッズが世界を救うアクション・アドベンチャー。時間を止めることのできる手ごわい敵を相手に、姉弟の双子コンビによる新スパイキッズが激しい戦いを繰り広げる。監督は、『シン・シティ』などのロバート・ロドリゲスが前シリーズより続投し、『ファンタスティック・フォー』シリーズのジェシカ・アルバがヒロインの敏腕スパイママを演じる。＞

クレオは科学が得意な少女だが、自分は人気者の姉であるモリーの陰に隠れてしまっていると感じていた。そんな中、パーキンス先生から課題を出されたクレオは、家の中で開かれているパーティーそっちのけで科学の実験をしていた。すると突然部屋の中に蛾が入り、クレオは驚いて色々な薬品を間違って混ぜてしまう。するとその薬品に触れた蛾は姿を消して透明になったのだった。結局その透明になった蛾は見つからず、何が起こったのかは分からずじまいだった。 すると次の日、モリーが自分自身の体が透明になってしまっていることに気づく。どうやら昨日逃げ出した透明になった蛾をモリーが飲み込んでしまったようで、クレオは姉を元に戻すために奮闘する。