陸上自衛隊の人工磁場発生器の実験中に事故が発生、的場一佐率いる精鋭部隊が４６０年前の戦国時代にタイムスリップしてしまった。仲間を救いだし、歴史を修正するために的場の元部下で元自衛隊の鹿島と事故を引き起こしてしまった神崎はロメオ隊とともにタイムスリップを敢行する。

無数のアンノウンが研究施設を攻撃。人々が殺戮されていくなか、超能力を発揮して逃亡する2人の少年少女、レイと沙綾香。その頃、G3ユニットに新しいメンバー・深海理沙が加入することが通告された。果たしてその目的は一体何なのか。激増するアンノウンを前に、突如、封印されていたはずのG-4システムが出現してアンノウンを撃破し始める。しかし、その結果、大いなる危機が…。翔一、誠、涼、真魚たちが出逢った2人の少年少女。アギト・G3-X・ギルスそして新登場のG4。複雑に絡み合うそれぞれの運命の結末は!?