トルコ。「ノアの方舟」が乗り上げたと言い伝えられるアララト山でアーカムの調査員が消息を絶った。同時にアララト山に強力な磁場が発生。その影響を受けたアメリカの軍事衛星が消滅した。その半年後、アーカムのNO.1スプリガン・御神苗優は、何者かからの挑戦状を友人の命と引き換えに受け取る。間一髪、難を逃れた優がアーカム日本支部に駆けつけると、そこには「次はお前の番だ!」とのメッセージと共に、3週間前にトルコ支部で襲撃されたアーカムの調査隊の遺体写真が届いていた。優は日本支部の制止を振り切ってトルコへ飛ぶ。だが、優を待ち受けていたのは「ノアの方舟」に触手を動かしたアメリカ国防総省の機械化小隊だった。

キノとエルメスが訪れた国は、科学が発達した高い文明をもつ国だった。安定した環境の下、巨大なドームの中で暮らす国民達。一方、その国には、選ばれたエリートたちだけが暮らすことができる“開拓地”が存在していた。そこは、ドームの外で、実際の日光や土に触れることができるため、ドームに暮らす人々の憧れの地でもあった。キノとエルメスは、厳重な消毒を受け、ドームへと入る。そしてそこで一人の少女イナーシャと出会い……。

中学生の天童純は、父を7年前に亡くし京都で母と2人暮らしをしている。ある日、純は学校帰りに突然現れた謎の魔物に追いかけられる。純は古寺に迷い込み、僧侶・源雲に助けられる。しかし、純はそのまま時空を超えて平安の都に連れて行かれる。平安の世界で純は貴族から「鬼」と呼ばれる者たちが様々な妖術で自然を操り都の安寧を脅かしているという話を聞く。その戦いに終止符を打つためには、封印されたオロチを目覚めさせる伝説の選ばれし救いの御子が必要であり、それが純だと告げられる。

キノ（声：前田愛）は生まれた国を飛び出して、師匠（翠準子）とエルメス（相ヶ瀬龍史）と一緒に、森の中の小屋に住んでいた。家事の手伝いをしながら、師匠にパースエイダーの訓練を受け、エルメスの運転の練習などをしながら、キノは平和に暮らしていた。そんなある日、川に水を汲みに行ったキノは、生まれた国で出会った青年（自分をかばって命を落とした青年）と同じコートを着た旅人を見かけ、話を聞く。そして、キノはある決心をする。