風祭真は父の大門が働く生化学研究所、ＩＳＳ社で生体実験の被験者として生活を送っていたが、連続殺人事件の全てを記憶しており苦悩していた。ＩＳＳ社の鬼塚が変身し殺人を繰り返し、そのデータを真の体に適用し、真の体は知らぬ間に改造兵士（レベル３）になっていたのである。ＩＳＳ社は所長氷室の指揮のもと、改造兵士の開発を企んでおり、真の肉体と精神は、鬼塚の改造実験には最適だったのだ。一方、セーラ・深町率いるＣＩＡは改造兵士開発を阻止するため鬼塚を襲う。炎の中で身もだえする鬼塚に呼応して、ついに真が変身する。氷室の腹心、豪島もレベル２の兵士として真の前に立ちはだかる。改造兵士同士の激しい戦いが、ＩＳＳ社の中で繰り広げられていく。一方、ＩＳＳ社の明日香愛は真の子を身ごもっており・・・