ある日突然、月が爆発して7割方蒸発した。その犯人と称し、しかも来年三月には地球をも爆破するという超生物がやってきたのは、何故か中学校の教室。なんとここで教師をするというのだ。人知を超えた能力を持ち、軍隊でも殺せないその怪物の暗殺を、各国首脳はやむをえず、そのクラス、椚ヶ丘中学校3年E組の生徒に委ねることになる。なんと成功報酬は百億円。落ちこぼれクラス、「エンドのE組」の生徒たちは、卒業までにこの暗殺対象の教師、「殺せんせー」を殺せるのか。

この社会は平等であるか否か。真の『実力』とは何か——。 東京都高度育成高等学校。それは徹底した実力至上主義を掲げ、進学率・就職率１００％を誇る進学校である。そこに入学して１年Ｄクラスに配属された綾小路清隆だったが、学校は実力至上主義の看板とは裏腹に、生徒に現金と同価値のポイントを月１０万円分も与え、授業や生活態度についても放任主義を貫く。夢のような高校生活の中で、散財を続け自堕落な日々を送るクラスメイトたち。しかし、間もなく彼らは学校のシステムの真実を知り、絶望の淵に叩き落とされるのだった……！ 落ちこぼれが集められたＤクラスから少年少女たちが見出すものは、世界の矛盾か、それとも正当なる実力社会か。