シュレックは他の人からは怖がられている怪物である。その外見とは裏腹に本質は心の優しい彼は、人里離れた沼地で一人気楽に暮らしていた。ある日、シュレックは森の中でお調子者でおしゃべりなロバのドンキーと出会う。シュレックに怯えて逃げた兵達を見てシュレックが自分を救ってくれたと思い込み嫌がるシュレックについて行く。ドンキーのおしゃべりにうんざりしたシュレックが戻ってみると、彼の沼地には妖精やおとぎ話の主人公達が押し寄せてきていた。

大学を出たばかりのバリーは蜂蜜をつくる仕事についたが不満を持っていた。ミツバチの世界では1度決めた仕事は一生変わることができない。ある日バリーは決まりを破って巣の外に出る。殺されそうなところをヴァネッサに助けられ交友を築くが、彼女とともに行ったスーパーマーケットで棚に大量のミツバチが並んでいるのを見つける。蜂蜜が人間に横取りされていると知ったバリーは訴えを起こして蜂蜜をミツバチのもとに取り戻す。しかしミツバチが働かなくなったことで世界中の花が枯れてしまう。困ったバリーとヴァネッサはパサデナで開かれるフラワー・フェスティバルに出品される最後の花を受粉しに向かう。