舞台は現代のイギリス。謎の男キャプテン･ジャックが率いる特殊調査チーム「トーチウッド」は、政府機関、警察、国連を超越する組織。独自のルールのもと、エイリアンのテクノロジーを利用しながら、これまで地球上に起こったこともないような犯罪や事件を調査･解決、地球にせまる宇宙からの脅威に立ち向かう。

21世紀、陸軍の軍医としてアフガン戦争に従軍したジョン・ワトソンは、戦傷によりイギリス本国に送還され、トラウマを抱えたままロンドンで苦しい生活を送っていた。そんな中、研修生時代の古い知り合いと出会い、自分と同じくルームメイトを探しているらしいシャーロック・ホームズという変わった男を紹介される。頭脳明晰なシャーロックは、スマートフォンやGPSといった現代の技術を駆使し、周囲の人々を戸惑わせながらもその天才的なひらめきと推理力でジョンと共に数々の事件を解決していく。

古くからある名門トリニティ・カレッジで新年度が始まり、シャーロットは新入生の中に混じって、父の死がカレッジと何らかの関係があることを証明しようと決意する。