直径3,200メートル、秒速135メートルというこれまでにない規模の巨大竜巻がシルバータウンの街に襲来する。炎に包まれた巨大竜巻が猛威を振るい、ジャンボジェット機すら飲み込む威力を前に、住民たちはシェルターに避難。一方で、竜巻を追跡する観測者ストームチェイサーや、最愛の人を守り生き残るため危機的状況を打破しようと模索する人々もいた。

スーパーマンが、メトロポリスでゾッド将軍と死闘を繰り広げてから2年。当時、現場に居合わせたブルース・ウェインは人知を超えた戦いで出た被害により友人や部下を失い、ゴッサム・シティでバットマンとして悪と戦う彼にとって看過できない事件だった。スーパーマンは世界各地で人々を救い続けていた。新聞記者クラーク・ケントとして過ごす日常では、同僚ロイス・レインとの仲もさらに深まっていた。大企業レックス・コーポレーション社長レックス・ルーサーは異星人とそのテクノロジーに強い興味を抱き２年前に墜落した宇宙船や異星人の遺体を独自に研究していた。