はるか昔、賢帝歴三千四十八年、景光が魔物と契約してから20年後。とある街の酒場で、踊り子に化けた魔物と戦う青年・百鬼丸を目撃したコソ泥・どろろ。百鬼丸は身体の四十八カ所を魔物に奪われており、その欠けた箇所を義肢で補っていた。通りすがりの琵琶法師から百鬼丸の身の上話を聞いたどろろは、その左腕に仕込まれた魔物を爆発蒸散させることのできる妖刀に興味を持ち、つきまとうようになる。初めは鬱陶しがっていた百鬼丸だが、時を重ねていくうちにしだいに心を開き、共に魔物を倒し、元の身体を取り戻すための旅をする。 旅をしていく中で深まる二人の絆と、次々と明らかになってゆく百鬼丸の過去。どろろの両親の仇、醍醐景光とは何者か。何故百鬼丸は身体の四十八カ所を奪われたのか、百鬼丸の本当の両親は誰なのか。その謎が明かされたとき、物語は大きく動き出す。 父の野望のため身体を奪われし者、そして時の権力に両親を奪われし者、失われた身体と心を取り戻すための二人の旅は続く。

迫田結[ゆい](芦田愛菜)は海辺の町に住む高校３年生。父の和俊(佐藤隆太)と母の七海(広末涼子)は美容師で、夫婦で小さな美容室を経営している。小さい頃から絵を描くのが好きだった結は、美大への進学を目指し街の画塾に通っている。推薦入試を間近に控えた結は、ひと夏かけて一枚の絵を描き上げたものの、画塾の講師で尊敬する那須薫(マイコ)に何か足りないと指摘される。自分に足りないものは何かと思い悩む中、結には一つ気がかりなことがあった。最近、和俊の様子がおかしい。店を七海にまかせきりで、自分は出張カットの仕事ばかりをやっているのだ。ある日、結は画塾に向かう途中、喪服を着てワンボックスカーに乗り込む和俊の姿を目撃する。不審に思った結は和俊の後を追いかける。たどり着いた先は葬儀場だった。出てきた和俊を結が問い詰めると、納棺するご遺体の髪を切る「エンディングカット」という仕事を始めたことを打ち明ける。