男だけを襲う謎の疫病が席巻して8割の男が死に至った江戸時代、すべての重要な仕事を女が占め、男が体を売るという男女逆転の浮世と化していた。その結果、一人の女将軍に3,000人の美しき男たちが仕える女人禁制の男の園、大奥が生まれ、ぜいを極めていたが、そこに一人の若い侍がやって来る。

4年前のバイク事故で逆行性健忘症を患い、事故以前１年間の記憶を失った藤井は、恋人の佳美に関する記憶がぽっかりと消えていた。ところが、共通の友人であるムースとバッハの結婚式に出席したことをきっかけに、２人は運命の再会を果たす。初めて出会ったはずの佳美に自然と惹かれた藤井は、ずっと乗っていなかったバイクの修理に彼女を誘い、距離が接近。やがて、藤井の記憶は戻らないまま、止まっていた時が動き出すように、２人は再び付き合い始めるのだった。

2035年。度重なる天変地異と経済危機、治安悪化により、日本は荒廃していた。国から見捨てられた地方都市ではテロリストが勢力を持ち、略奪や誘拐が日常茶飯事的に行われており、多くの人々は希望を失っていた。そんな地方都市のひとつ・八萬市（エイトシティー）では、治安維持のために自警団・ヒーロー協会が設立される。闇金に手を出し借金取りから逃げ回っていたニートの横峯誠（横山裕）は、ヒーロー協会にスカウトされる。他に揃っているのはアルコール依存症の渋沢薫（レッド／渋谷すばる）、チェリーボーイの村岡雄貴（ナス／村上信五）、ショッピングサイトにどっぷり浸かっている丸之内正悟（オレンジ／丸山隆平）、青いものを見ると買わずにはいられない安原俊（ブルー／安田章大）、プライドばかり高い元バンドマンの錦野徹朗（イエロー／錦戸亮）、純粋で優しすぎる大川良介（グリーン／大倉忠義）というやる気のないダメ人間の掃き溜めだった。横峯はそんなエイトレンジャーのリーダーを任されてしまう。一方、警察としてもはや機能していない八萬署の中にも、型破りだが正義感あふれる刑事・鬼頭桃子（ベッキー）と伝説のヒーローであるキャプテン・シルバー（舘ひろし）に憧れる新米刑事・仁科遥（蓮佛美沙子）は市民を守ろうと日夜努めていた。しかし彼女らの奮闘もむなしく、テロリスト集団ダーククルセイドの第3部隊は誘拐・人身売買で儲け無職の市民を次々に取り込み、着々と勢力を増していた。エイトレンジャーはダーククルセイドの一味に立ち向かうべく、キャプテン・シルバーに付いて修業を積む。ある日、ダーククルセイドからキャプテン・シルバーの元へ刺客が送り込まれる。これを破ったエイトレンジャーが暗殺者の仮面を取ると、正体はこの街で生活の手立てを失くした老人だった。借金返済のためにヒーローを担う者と生活のために暗殺者となった者。エイトレンジャーたちは市民を守る本気の覚悟が足りないことに気付くが、キャプテン・シルバーの導きにより、国や周囲に見捨てられた自分たちだからこそ誰も見捨てずに人々を守ろうと決心する。そんな中、彼らの元にダーククルセイド第3部隊を率いるMr.ダークから、キャプテン・シルバーを引き渡さなければ市内にある石油コンビナートを爆破させるとのテロ予告が届く……。

ホテルに勤務する入社2年目のOL鈴木沙耶。持ち前のピュアで一生懸命な性格を生かして仕事に奮闘する中、彼女はイベント企画部に配属されることに。冷静沈着で頭のキレるエリート主任・柘植暁の部下となるものの、ミスを繰り返して彼から叱られてばかりの毎日。そんなある日、彼女は柘植から交際の申し込みを受ける。思いがけない出来事に困惑していると、今度は中学時代に思いを寄せていたハルキと再会する。二人の間で、沙耶の心は激しく揺れる。

極秘裏に作られた危険な生物兵器“K−55”が医科学研究所から盗まれた。紛失に気付いた主任研究員の栗林は、 所長の東郷のもとに脅迫メールとK−55が埋められた場所を示すテディベアの写真が届いたと知らされる。だが犯人らしき差出人の元研究員・葛原は、メールを出したすぐ後、事故で死亡していた。栗林は東郷の依頼で写真の場所が野沢温泉スキー場だと突き止め、息子の秀人を連れてK−55捜索に向かう。

南町奉行所見廻り同心・渡辺小五郎（東山紀之）、絵師でもある経師屋の涼次（松岡昌宏）、役儀任免で南町奉行所自身番となった中村主水（藤田まこと）らは、表稼業をこなしながらも、仕事人として闇にまぎれて悪人たちを討つ日々を送っていた。ただ一人、からくり屋の源太（大倉忠義）だけは、仕事人として人を殺めたことを後悔して葛藤しながら、作太郎（前田航基）とともにめし処「その」を営んでいた。江戸の街では、なぜか薬の値が高騰する事態が起こる。主水が自身番を勤める長屋横丁でも、与平（前田吟）ら貧しい老人たちが薬の高騰にあえいでいた。そこに、薬を安売りする薬種問屋恵比寿屋が現れる。店の主・恵比寿屋善兵衛（竜雷太）は救世主としてあがめられるが、その裏で善兵衛は、舶来モノの安い薬が江戸に入るのを差し止めていたのだった。そんな中、素浪人・権藤伊左衛門（沢村一樹）が江戸にやってくる。彼は小五郎の剣術道場時代の同士で、自慢の剣の腕で世直しをして名を上げようともくろんでいた。のんきに奉行所勤めをしている小五郎の前で、悪人を闇から闇へと葬る仕事人をクズ呼ばわりする伊左衛門。その矢先、薬の高騰に耐えかねた与平たちは、お上に対して長屋に立てこもり、窮状を訴える決意をした。めし処「その」に集まった老人たちの話を小耳にはさんだ伊左衛門は、助太刀を申し出る。人助けと考えた玉櫛（水川あさみ）も加わった。だが、立てこもりを始めた与平や伊左衛門たちのところへ乗り込んできたのは、老人たちを一掃し、長屋の土地を手に入れようともくろむ土建屋の芳之助（田中要次）と、彼が雇った銀五郎（丹古母鬼馬二）ら辰野組のヤクザ者たちだった。

南町奉行所に新たに見回り同心・渡辺小五郎（東山紀之）が着任、おかげで中村主水（藤田まこと）は弾き出されて書庫番を任じられた。そんな中、老舗の米問屋・上総屋から火が出て、主人夫婦が死に、その娘・佐知（星野真里）から敵討ちの依頼がくる。上総屋の火事は、商売敵の播磨屋によるものだというのだ。常磐津の師匠・花御前のお菊（和久井映見）は、金を払えば恨みを晴らしてくれる仕事人組織の存在を佐知に教える。お菊が声を掛けた仕事人は、小五郎と絵師の涼次（松岡昌宏）だった。互いの仕事をすませた直後ふたりは、偶然顔を合わせる。だが、ふたりはお互いの裏の顔は知らない。事件は敵討ちとして一件落着したが、小五郎はまだ裏があると感じていた。一方、からくり仕掛け人の源太（大倉忠義）は、小料理屋の女将・薫（原沙知絵）に惚れて、店に通いつめていた。ところが、ある事情から薫は土地売買商の加賀谷彦左衛門（石橋蓮司）、玄衛門（佐野史郎）親子のもとに討ち入り、逆に殺されてしまう。源太は、残された薫の息子・作太郎のためにも薫の敵を討とうと誓う。

既婚者でありながら不倫を重ねていたひとりの男。偶然にも彼の妻から浮気調査の依頼を受けたという大学時代の後輩と再会し、流されるままに関係を持ってしまう。