ラストニンジャこと伊賀崎好天からニンニンジャーに「夏休みの宿題」が出される。それは、忍びの者だけが行くことのできる忍隠れの里にある忍隠れ城へ赴き、牙鬼軍団の侍大将・弓張重三によって落城寸前のそのお城から殿さまを救い出すべし、というものだった。

山中でキャンプを満喫していた動物戦隊ジュウオウジャーの前に5人の色とりどりの忍者が現れた。その忍者は、かつて牙鬼軍団と戦った手裏剣戦隊ニンニンジャーの初期メンバーだった。ニンニンジャーは、ジュウオウジャーを妖怪呼ばわりし、攻撃を仕掛ける。ジュウオウジャーも変身し、応戦する。 激突する風切大和 / ジュウオウイーグルと伊賀崎天晴 / アカニンジャーの前に天晴の息子を名乗る一人の少年、伊賀崎快晴と出会う。 ニンニンジャーは、ルンルンという異生物に寄り添っており、ルンルンに「正義のフリをして、自分の一族を殺したジュウオウジャーを倒して欲しい」と頼まれていた。天晴以外のニンニンジャーは、ジュウオウジャーを倒すために門藤操/ジュウオウザワールドを捕まえ、囮にしようとする。同じ頃、ニンニンジャーに苛立ちを募らすジューマンのみのジュウオウジャーは、偶然出会ったキンジ・タキガワ/スターニンジャーを捕まえる。