ある日、世界各国の都市上空に、巨大なUFOのマザー・シップが飛来した。人間と何も変わらない容姿を持ったエイリアン“ビジター”は、環境破壊により母星が滅亡の危機に瀕しており、地球人への協力と、全人類との修好を約束する。しかし、TVカメラマンのマイクは“ビジター”の母船に乗り込み、彼らの実体が「人の皮を被った」ヒト型爬虫類である事を知ってしまう。さらに、彼らの真の目的は地球上の豊富な水資源の略奪、そして食料としての人間を捕獲することであった。一見友好的に見える“ビジター”に反感を抱く人々は、やがて彼らの真の目的を知りレジスタンスを結成。“ビジター”に対抗するのであった。

世界各地の大都市の上空に突如、宇宙から飛来した５０隻もの巨大ＵＦＯが出現する。中から現れたエイリアンたちの外見は意外にも人間と同じで、彼らは友好と平和のため、人類と交流したいと申し出てくる。人類は彼らを“ビジター（来訪者）”と呼んで歓迎、平和な共同生活が始まるが、同時に科学者たちが姿を消す事件が次々と発生する。 TVカメラマンのマイク・ドノバンは、彼らの消息とビジターの真実を突き止めるためエイリアンの母船に忍び込む。そこでマイクは、ビジターたちの真の姿が人間の皮をかぶった爬虫類のような外見であること、彼らが人間を食料にしようとしていることを知る。マイクが人類滅亡の危機をはらむこの恐るべき陰謀を公表すると、ビジターたちは一転、武力と技術力で人類を支配しようと行動を開始。しかし人類の一部はレジスタンスを結成し、ビジターたちに抵抗していく!