ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、カバのグロリア、キリンのメルマンの４頭とその仲間たちがマダガスカル島に漂着してから数年後。ようやく飛行機でニューヨークへ帰る手筈が整うが、離陸して間もなく燃料切れで不時着してしまう。そこは、彼らの生まれ故郷、アフリカ大陸だった。様々な動物と交流を育むアレックスたち。だがそんな中、水が枯渇する事態に見舞われる。アレックスたちはその原因究明に奔走する。

うら若き女性であるスーザン・マーフィーは自らの結婚式当日、突如空から降って来た隕石と接触したことで、身長15m21cm（50フィート）に巨大化してしまう。軍隊に捕らえられ政府の秘密基地に収容されたスーザンは「ジャイノミカ」と名付けられ、基地内にて個性的なモンスター達と暮らす事になる。ある日、巨大なロボット・エイリアンが地球に襲来。迫り来る人類の危機を回避するため、モンガー将軍はモンスター達の出動を大統領に提案する。

言葉が話せ、人間以上の知能を誇る天才犬ピーボ博士と、養子になった人間の少年シャーマン。2人は実の親子以上の絆で結ばれていた。だがある日、シャーマンが学校で同級生の少女ペニーとトラブルを起こしてしまう。博士はペニーと両親を自宅に招き、和解するためのパーティーを開くのだが、そのさなか博士がタイムマシンを発明したことを知ったペニーが、勝手にマシンを使って古代エジプトへとタイムトラベルしてしまう。

ニューヨークのセントラルパーク動物園。ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、キリンのメルマン、カバのグロリアは大の仲良し。彼らは安全で快適な動物園の贅沢な暮らしをすっかり満喫していた。しかしある日、外の世界に憧れたマーティがテロリストのペンギンたちと一緒に動物園を脱走、マーティを連れ戻そうと後を追ったアレックスたちともども捕らえられ、ひょんなことから四頭はケニア行きの船に乗せられてしまう。さらに思わぬハプニングで海に投げ出された彼らは、やがてマダガスカル島に漂着。そこで現地の動物たちに迎えられ、生まれて初めて野生の生活に触れた四頭は、次第にそれぞれ本来の習性に目覚めていくのだった。

キュートな外見とは裏腹にエリートスパイとして活躍するペンギンズは秘密の潜入捜査中、かつて動物園で彼らに人気を奪われたことを恨むタコのデーブに誘拐される。デーブが人間の姿をしたオクト博士に姿を変え、世界中のペンギンへの復讐（ふくしゅう）を計画していることを知ったペンギンズは、スパイ軍団「ノース・ウィンド」と手を組み邪悪な陰謀に立ち向かう。

悪の天才メガマインドは、自分と正反対に人々の人気と尊敬を集めるスーパーヒーロー・メトロマンをライバルと定め、果てしない争いを続けていた。だがあるとき、メガマインドはついにメトロマンを倒し、骨に変えてしまう。自分でもまさか信じていなかった勝利に、メガマインドは喜びより戸惑いを覚える。宿敵を失った彼は悪行にも張り合いをなくし、やむなく自らの力で新たなライバルヒーローを作り出そうとする。

パパとママと暮らす7歳の少年ティムの家に、黒いスーツに黒いネクタイを締めた赤ちゃん「ボス・ベイビー」がやって来た。ティムの弟だというその赤ちゃんは、まるで大人のように話すことができ、口が悪くて人使いも荒い。実は彼には、ある秘密の任務があった。

シュレックとフィオナは、沼のほとりの小屋には戻らず、遠い遠い王国で蛙の姿に戻り、病に伏せるハロルド国王の代理として騎士叙任や新造船の進水式、パーティへの出席に明け暮れる。面倒で慣れない行事に苦戦し、うんざりしていたシュレックだったが、フィオナの父であるハロルド国王の症状が悪化し、逝去してしまう。王位は自分に相応しくないと思ったシュレックは、ハロルド国王が言い残したもう一人の王位継承者、フィオナの従兄弟のアーサーを連れてくるべく、ドンキーとドラゴンの子供達や妊娠したフィオナに見送られ、ドンキーや長靴をはいた猫と旅に出る。

長ぐつをはいたネコことプスは孤児院でイメルダによって育てられたが「無実の罪」で街を追われ賞金首になっていた。ある日街の酒場で魔法の豆の話を耳にする。魔法の豆とはプスが自身の半生を費やして遂には見つけることが叶わなかったものであるが、ジャックとジルがその魔法の豆を持っているという情報を聞いてその豆を盗もうと行動に移す。 しかし、その場で謎の覆面ネコと居合わせ、覆面のネコも魔法の豆を盗もうとしており口論の末にジャックとジルに見つかってしまい豆を盗むのに失敗してしまう。プスは覆面のネコと対決してこのネコがメスのキティだと分かる。そしてこの場で旧友のハンプティ・ダンプティと7年ぶりに再会する。ハンプティとは前述の「無実の罪」の元凶となっており、プスに魔法の豆の木を登って雲の上にある巨人の城へ行き伝説のアヒルが産む金の卵を探し当てようと持ちかける。 プスは、ハンプティ達を信用できないと一旦は拒否するも、再び街の人々の信頼を取り戻して自分へかかった無実の罪を相殺できるのではないかと考え話を受け入れる。しかし、その裏にはプスの想像を超えるような罠が待ち受けていた。

故郷ニューヨークへの里心が募るばかりのアレックスやマーティたち。彼らは、迎えにくると言って先に旅立ったまま、一向に戻らないペンギンズを探してアフリカからモンテカルロへと向かう。そこでまたもや大騒ぎを起こした一行は、敏腕女警部デュボアに追いかけ回され、おんぼろサーカス団に逃げ込んだ。この一座が有名になれば、ニューヨーク公演が実現して故郷に帰れるかも、と立て直しに乗り出すアレックスたちだった。

ボス・ベイビーと兄ティムが繰り広げた、赤ちゃんvs子犬のバトルから30年。ボス・ベイビーは今や正真正銘のエリート社長、一方のティムは2人の娘を育てる専業主夫となり、別々の人生を歩む兄弟はすっかり疎遠になっていた。ある日ベイビー株式会社に、悪の天才博士が世界征服を企んでいるという情報が入り、再びボス・ベイビーとティムの力が必要となる。その任務を伝えるため2人の前に現れたのは、新たに「ボス・レディ」に任命されたティムの娘ティナだった。ボス・ベイビーとティムは世界中の赤ちゃんを洗脳しようとする博士の計画を阻止するべく、スーパーミルクで赤ちゃん返りして潜入捜査に乗り出すが……。

ネズミのロディは、ロンドンのお金持ちの家で暮らしているペット。ある日、地下で暮らしているシドがロディの家に侵入し、ロディは追い出そうとしたが、逆に地下に流されてしまう。ロディが辿り着いた場所はネズミだけが暮らす「マウス・タウン」だった。

楽しさ満載のファミリー･アドベンチャー！ ツキに見放された猟犬のハンクは、冷酷な悪党の陰謀から守るためにヒーローを必要としている猫たちの町にやってくる。渋々引き受けた師匠に鍛えられハンクはサムライとなって猫たちと力を合わせ、この危機を乗り越えようと奮闘する。唯一の問題は... 猫は犬が嫌いなこと!?