人間世界とよく似た、動物だけが暮らす世界。コアラのバスターが劇場支配人を務める劇場は、かつての栄光は過去のものとなり、取り壊し寸前の状況にあった。バスターは劇場の再起を賭け、世界最高の歌のオーディションの開催を企画する。極度のアガリ症のゾウ、ギャングの世界から足を洗い歌手を夢見るゴリラ、我が道を貫くパンクロックなハリネズミなどなど、個性的なメンバーが人生を変えるチャンスをつかむため、5つの候補枠をめぐってオーディションに参加する。

引きこもりのオタク少年アレックスは母親に勧められ、山奥の冒険キャンプ「リム・オブ・ザ・ワールド」に参加することに。そこで彼は、富豪を親に持つお調子者の少年ダリウシュや、中国からやって来た少女ジェンジェン、地元の少年ガブリエルと知り合う。ある日、突如として謎の飛行物体が地上を攻撃。逃げ遅れてキャンプ場に取り残された4人は、偶然出会った瀕死の宇宙飛行士から、地球を救うための“鍵”を託される。凶暴なエイリアンに追われながら、100キロ以上先にあるNASA施設へ鍵を届けるべく、自転車に乗って旅立つ4人だった。

洞窟で暮らすへそ曲がりのグリンチは、山の麓で生活する村人たちに意地悪することを生きがいにしていた。愛犬マックスの純粋な愛情にも背を向ける彼は常に機嫌が悪く、孤独な日々を送っている。ある日、グリンチは村中の人々が大好きな“クリスマス”を盗もうと計画する。

ニューヨークで配管工を営む双子の兄弟マリオとルイージ。謎の土管で迷いこんだのは、魔法に満ちた新世界。はなればなれになってしまった兄弟が、絆の力で世界の危機に立ち向かう。

「ファインディング・ニモ」の奇跡の冒険から１年後。カクレクマノミのニモの親友で、何でもすぐに忘れてしまう、忘れんぼうのドリーがただひとつ忘れなかったのは《家族の思い出》。「今度は僕がドリーを助けるよ」、ニモと父マーリン、そしてカメのクラッシュに支えられて、ドリーの家族を探す感動の冒険が始まった！唯一の手がかりは＜カリフォルニア州モロ・ベイの宝石＞。ドリーたちがパパやママを探してたどり着いた先は、海の生き物にとっての禁断の場所＝《人間の世界》だった…。そこで、ドリーは7本足のタコのハンクや、泳ぎが苦手なジンベイザメのデスティニー、自分に自信がないシロイルカのベイリーなど、個性豊かな新しい仲間たちと出会う。ドリーのパパやママはいったいどこに？そして、ドリーはニモやマーリンから別れて行ってしまうのか？