1999年第1の月、地中海で原子力潜水艦が爆発事故を起こす。その事故こそ、有名な予言者であるミッシェル・ド・ノストラダムスの残した預言書の第2章第3節にある「海を照らす太陽に似た灼熱のせいで、ネグロポントの魚が灰焼きにされよう」という予言が的中した証拠である、と新興集団であるノストラダムス教団の指導者ライズリーは観衆に説く。さらにライズリーは、「世界の滅亡は近く、その大災難から逃れるにはこの手にある“失われた予言書”に従うしかない!」と説く。一方、ブラジルのリオデジャネイロでは、サンバカーニバルが開催されていた。そのどさくさに紛れ、150万$のダイヤを手に入れたルパン三世は、銭形警部との鬼ごっこから逃れたアトランタ行きの旅客機の中で、ダイヤを隠した人形を生意気な少女ジュリアに奪われてしまう。

引っ越してきたばかりのムーミン一家は、ジャコウネズミから地球に迫ってくるという彗星の話を聞く。もっと詳しいことを知るため、ムーミンはミイ、スニフと共に、おさびし山にある天文台へ向かう旅に出る。スナフキン、フローレン、スノークといったおなじみのキャラクターたちとの最初の出会いや襲いかかる怪物や彗星への恐怖と闘いながら仲間たちは旅をつづける。