戦乱の時代。 明国の武装集団に追われる仔太郎という少年がいた。 逃げこんだ荒寺で仔太郎は、名を捨て刀を封印した不思議な浪人「名無し」と出会う。 赤池の領主と連携をとりながら仔太郎を追ってきた武装集団は、そこで名無しと対峙する。 仔太郎に隠された秘密はあまたの野心を触発し、名無しはのちの宿敵となる男、羅浪と巡り会う。 それぞれの思惑が一気に激流へと変化していく中、果たして仔太郎と名無しの運命は・・・

１９６４年、東京オリンピックの開催に向けて日本中が沸き立つ中、秋田泉一という男が長野県塩尻市に誕生する。ごく普通の少年として育っていた彼は、小学校の運動会で行われた徒競走で一等になる。一等賞というものが与えてくれる、いいようのない幸福感のとりこになってしまった彼は、それをきっかけにさまざまな分野で一等賞を取ろうと決意。書道、絵画、火起こし、大声コンテスト、マスのつかみ取りなど、大会やコンクールに片っ端から参加しては一等賞に輝くが時を経て徐々に人生の挫折を味わうことになる。

江戸時代、幕府から５日以内の「参勤」という無茶な難題を、知恵と工夫で何とか果たした湯長谷藩。藩主・内藤政醇率いる一行は帰途に就く「交代」の道中、湯長谷で一揆が起きたという知らせに仰天する。彼らに敗北した老中・松平信祝の逆襲によるもので、一揆を鎮めるため大急ぎで帰郷した政醇たちだったが、城は奪われており……。

織田信長が天下統一に向かって突き進む中、信長の次男・信雄は伊勢国を掌握し、その隣国・伊賀国も支配しようとしていた。だが伊賀国に住んでいたのは外部の常識が通用せず、独自のルールに従って生きている“忍び”の面々で、お国という美しい妻がいながら非情かつマイペースで生きる忍者・無門もそんなひとり。そんなある日、信長の軍が伊賀国に本気で攻め込んできて、無門ら“忍び”の面々は全力をもって敵軍を迎え討つ。

高校生の薫は父親を亡くし、親戚と暮らすために長崎県佐世保に引っ越す。転校先で孤独を感じていた彼は札付きの不良と恐れられる千太郎と、クラス委員で千太郎の幼なじみである律子と出会う。ある日、律子の家であるレコード店の地下のスタジオにやって来た薫は、ドラムを演奏する千太郎の姿を見てジャズに魅了される。その日を境に薫の毎日は楽しいものとなり、律子に恋心を抱くが、彼女は千太郎のほうに好意を感じていた。

世間知らずなお嬢さまの折山香琳（平祐奈）は16歳の誕生日に、初恋の相手で学校一のモテ男・鶴木尚（中島健人）との結婚を両親からプレゼントされる。片思いの相手と送る新婚生活に有頂天になる香琳に対して尚は、顔で結婚を決める女は嫌いだと言い放つ。一心に尚のことを思う香琳は、家事や勉強に果敢に挑戦し、そのさまを見ていた尚の心境に変化が起こる。ある日、二人の結婚が香琳を好きな幼なじみの海老名五十鈴（知念侑李）に知られてしまい……。

本町奉行所に勤める同心・渡辺小五郎（東山紀之）のもとに岡っ引きの亥ノ吉（岸優太）が飛び込んできた。サボってばかりの小五郎を見かねた与力の増村倫太郎（生瀬勝久）があてがった仕事熱心な正義漢だ。亥ノ吉は町娘に乱暴を働こうとした岸田藤十郎（木村了）をしょっ引いてきたのだが、その顔を見た増村はあわてて後は奉行所に任せろとその場を収める。同じ頃、経師屋の涼次（松岡昌宏）は表の仕事で旧知の絵師・才三（西畑大吾）と再会する。口下手で内向的な性格ながら、涼次も認める画才の持ち主だ。だが、才三の胸には涼次も知らない熱い思いが秘められていた……。

江戸では息子をかたり親から金をだまし取る親だましが横行していた。この卑劣な犯行に歯止めをかけるため、同心・渡辺小五郎（東山紀之）らが勤める本町奉行所に、奉行・湯川伊周（市村正親）と湯川の右腕でもある与力・田上誠蔵（杉本哲太）が赴任してくる。ある日、小五郎はまんじゅうを盗んで逃げる少女・つゆ（古川凛）に出くわす。面倒に思いながらもその場をとりなした小五郎は、すっかりつゆに懐かれてしまう。家にまでついてきたつゆは、住み込みで働きに出ている母・たけ（森川葵）が迎えに来てくれる日を心待ちにしながら、親戚の家に身を寄せているという。つゆを邪魔者扱いするおばから世話を押し付けられた小五郎は、すっかり天真爛漫で愛らしいつゆのとりこになった妻・ふく（中越典子）と、叔母のてん（キムラ緑子）に押し切られ、しばらく家で預かることに。一方、水茶屋で酒を飲んでいた経師屋の涼次（松岡昌宏）は、自分の店をもって娘と暮らすために働いているというたけの話に耳を傾けていた。するとたけが常連客に呼び出され、席を立つことに。その客・五十嵐鉄三郎（大東駿介）の傲慢な振る舞いが気に食わない涼次…。また、たまたま誠蔵の家で庭師として働いていたリュウ（知念侑李）は、引きこもりの息子・田上新之丞（杉野遥亮）と言葉を交わすようになり、いつしか友情が芽生える。ついに一緒に外出することになり、溝端九右衛門（駿河太郎）が『新生塾』という若者に多様な生き方を説く私塾に通い始めるが、リュウは無条件で溝端に心酔していく新之丞の様子に不安を感じていた。

江戸の同心・渡辺小五郎（東山紀之）は、一年前に母を亡くして以来、ふさぎがちな妻・ふく（中越典子）が気がかり。同僚の住之江彦左衛門（松尾諭）は、そんなふくの姿を見て、遺品をなにか別の品に交換して気持ちの整理をつけた方が良いと、油問屋で丁稚奉公をする傍ら、人と人とが品物を交換する橋渡しをしている弥吉（伊藤健太郎）を紹介する。ケガをして町医者へ行ったリュウ（知念侑李）は、治療を手伝う気立ての良い娘・おたね（飯豊まりえ）に思わず見とれてしまうが、弥吉と恋仲だと知る。また、お菊（和久井映見）も弥吉の目利きを信用している客の一人で、涼次（松岡昌宏）の前で弥吉とおたねを褒めちぎる。そんな誰からも愛される弥吉とおたねが暮らす長屋一帯を、やくざ者が買い取ったという不穏な噂が広まっていた。ある日、大金持ちの商人・蘇我屋忠兵衛（近藤芳正）に呼び出された弥吉は、江戸中に人脈をもつ大商人・上総屋清右ヱ門（西田敏行）を紹介され、物々交換の際に手間賃を取って“献残屋”という商売をしないかと持ち掛けられる。しかし純真で欲のない弥吉は、この申し出をあっさり断ってしまう。そんな中、やくざ者たちが強引に長屋の解体を始めた。住民たちが大混乱に陥いる中、抵抗したおたねの母・おきよ（山下容莉枝）が無残にも斬り殺されてしまう。

今宵も三番筋に、晴らせぬ恨みを抱えた一人の町人がやってくる。男はヤクザ者に娘を殺されたかたきを討ってほしいと訴えると、金子を祠に備えた。お菊（和久井映見）の差配で、渡辺小五郎（東山紀之）、経師屋の涼次（松岡昌宏）、瓦屋の陣八郎（遠藤憲一）たちは、次々と的を手にかけていく。ところが、リュウ（知念侑季）がいざ「仕事」を果たそうとしたとき、その場に頼み人本人が体中に武器を帯びて現れ、自らヤクザ者を刺し殺し、こう言い放つ。まさかの事態に言葉を失うリュウだが、「頼み人に顔を見られたら、その命を絶つ」という仕事人の鉄則に従い、小五郎が男を斬り捨てた。「仕事」の世界の冷酷さに嫌気がさしたリュウは、小五郎に反抗的な目を向けると、その場を立ち去った。その夜以来、リュウは姿を消してしまう……。同じ夜、江戸の町では驚くべき事件が起こっていた。若い男が焙烙玉を担いで遊郭で自爆し、大勢の人間を巻き添えにしたのだ。事件の捜査を始めた小五郎は、新たな相棒の同心・住之江彦左衛門（松尾諭）から気になる情報を知らされる。自爆犯は死の直前に「我らの怒りを恐れよ」という謎めいた言葉を残したというのだ。一方、涼次によれば、自爆に用いられた焙烙玉は、素人が簡単に手に入れられるものではないらしい。涼次の見立てどおり、焙烙玉は組織的に作られていた。とある屋敷で、雀蓮（間宮祥太朗）という青年の監視の下、焙烙玉作りに精を出す少年少女たち。それを前に、「まだまだ足りない」と言う謎の男・壬生の幻楼（奥田瑛二）。彼こそが、恨みを持つ者たちに武器を提供し、江戸の町に自爆事件を仕掛けた張本人であった。

渡辺小五郎（東山紀之）ら、仕事人たちの裏家業は休みを知らない。今宵の「的」は、若い娘を毒牙にかける悪人たち。最近の江戸では、きれいな着物で絵師のモデルになれると少女たちをだまし、食い物にするあくどい商売が横行しているのだ。ところが、翌日、小五郎が相棒の同心・結城新之助（田口浩正）と現場に戻ると、昨夜の「仕事」では覚えのない死体が発見される。なんと南町奉行所の同心だという。お菊（和久井映見）やリュウ（知念侑季）は、前回から仲間に加わった仕事人・瓦屋の陣八郎（遠藤憲一）の仕業ではないかと疑うのだが？そんななか、本町奉行所に幕府から大目付 預かりの役人・朝比奈藤十郎（安田顕）が派遣されてくる。奉行所内のムダを省くためリストラをおこなうと宣言した朝比奈は、結城の真面目な性格を見込んでリストラ候補を選べと命じる。最近、年頃の長女・お絹（浜辺美波）との仲がギクシャクして悩んでいた結城は、公私で難題を抱えるはめに。ひょんなことから再会した幼なじみの絵師・鬼頭進之助（寺島進）にグチをこぼすものの、冷たく突き放される。一方、お絹は油問屋の初音屋にいた。ここもまた、若い娘を食い物にするあくどい商売人の巣であった。誘われるまま絵師たちの前に連れて来られるお絹。そこには、あの鬼頭進之助の姿もあったが、絵師として日銭を稼ぎにやってきていた経師屋の涼次（松岡昌宏）が、ヤクザ者の弥助（温水洋一）から大金を渡され、お絹の春画を描けと言われてしまうのだった。そのころ、奉行所では、結城の先輩の同心・河原崎長七（尾美としのり）が、奉行所にムダな人員などいないことを示すために、一致団結して大きな成果を上げようと提案する。リストラ要員の選定に頭を抱えていた結城も大賛成し、初音屋に大々的な手入れをすることが決まった。しかし、この手入れをきっかけに、結城は思わぬ陰謀の餌食となり、窮地に追い込まれ……。表の相棒のピンチに、どうする、小五郎！？

本町奉行所の見廻り同心・渡辺小五郎（東山紀之）と妻のふく（中越典子）は、 「後妻打ち」をきっかけに夫婦ゲンカになり、ふくは家出してしまうことに。折も折、夫から逃れた妻たちが駆け込む「縁切り寺」で、住職と女たちが斬り殺される事件が起こる。妻の家出中とあって「もしや」と案じて寺へと急ぐ小五郎だが……。同じ頃、江戸の町に、夫婦で裏稼業を営む夫婦仕事人がやってくる。 “瓦屋の陣八郎”（遠藤憲一）と“泣きぼくろのお宮”（山本美月）だ。偶然、街角で陣八郎とお宮に出会った小五郎に対し、二人を知るお菊（和久井映見）は、「あいつらとだけは関わるべからず」と忠告する。ところが、遊び人で博打好きの陣八郎は、今度は遊郭で開かれた博打で経師屋の涼次（松岡昌宏）と出会ってしまうことに。そんな矢先、縁切り寺の殺人事件の下手人らしき男が自殺体で見つかるが、小五郎は事件の背後に陰謀の匂いを感じ取る。しかし、寺の管轄は寺社奉行ということもあって、与力の増村倫太郎（生瀬勝久）はこれ以上の捜査には及び腰だ。事件からまもなく、寺社奉行の江田島兼良（中丸新将）の鶴の一声で、坊主の燕天（竹中直人）が寺の住職に就任する。もともと寺の跡継ぎとして修業をしていた経験のあるリュウ（知念侑李）は、新しい寺の様子に違和感を覚える。 何事もなかったように女たちの受け入れが始まった縁切り寺に、今日もお市という女（田中美奈子）が、娘のみさと（宮武美桜）とゆい（宮武祭）を連れて駆け込んできた。 だが、寺の背後では、女たちの弱みにつけ込んで食い物にしようとする陰謀が蠢いていたのだった……。

一陣の風が雨を予感させるある日、渡辺小五郎（東山紀之）の前に、仙吉（高橋英樹）が現れる。かつて、小五郎が仙吉の弟・弥勒坊燕斎を斬って以来の因縁だった（『必殺仕事人2012』）。仙吉は不敵な表情で言い放つ。その不気味な忠告が暗示するのは、江戸幕府で企てられる陰謀だった。開国を熱望する若き老中 ・加門橋ノ介（岡田義徳）は、側用人の中之島頼政（中村梅雀）の後押しを受けて、海外諸国から視察団を招こうと画策していたが、その裏にはこれを機に、賭場や夜鷹など江戸の町の暗部を徹底的に「大掃除」しようという狙いが隠されていたのだった。その頃、経師屋の涼次（松岡昌宏）は、とある田舎の村にいた。知り合った坊主の隆斎（永島敏行）から、井戸をめぐって対立する村人たちの仲裁を頼まれ、寺に居候していたのだ。隆斎や、寺の後継ぎの隆生（知念侑李）、恋人のおつう（佐々木希）らに囲まれ、穏やかな時間を過ごす涼次。しかし、思わぬ事件が起き、追われるように江戸の町へ戻ることになってしまう。一方、小五郎ら同心たちが勤める本町奉行所では、幕府からの通達を受けた与力の増村倫太郎（生瀬勝久）が慌てていた。頼み料と引き換えにかたき討ちや復讐を代行する「仇討ち屋」を、幕府が認可したのだ。しかも、いち早く開業したのが、あの仙吉だった。幕府公認の仕事人とも言うべき存在の出現に、仙吉と親しかったお菊（和久井映見）も動揺する。そんななか、隆生が江戸にやってくる。その胸中に秘めた思いとは？そんななか、隆生がおつうとともに、江戸にやってきた。新しい暮らしを始める決意にあふれるおつうだが、隆生の胸中には、秘めた思いがあった……。