かつてのウルトラ戦士とベリアルの戦いは、地球の人々には都市伝説のように語られている。六年前に一度、怪獣が出現したが、それ以降は平和な日々が続いている。主人公・朝倉リクは親を知らずに育った。幼少期に出会ったペガッサ星人のペガを自分の影に隠し、星雲荘で暮らしている。ヒーローに憧れる普通の青年だ。ある日、六年前の怪獣が再び出現！星雲荘を踏み潰され、逃げ惑うリクとペガは、地下深くに隠された謎の秘密基地を発見する。基地のAI・レムから「ウルトラカプセル」を与えられたリクは、ウルトラマンジードにフュージョンライズ！怪獣を撃退するが、その姿はベリアルに酷似していた…。次々に現れる怪獣はエネルギー体「リトルスター」を狙う。その裏に隠されたベリアルの陰謀を察知して、ウルトラマンゼロが地球にやってくる。ベリアルの遺伝子を受け継ぎながら、その運命に抗い、真のヒーローになりたいと願うリクの戦いが幕を開ける！