「おれ、野球やるよ。」達也は自分の野球を見つけるため、マイナーリーグ・グリーンエメラルズの選手として、単身アメリカ・グリーンタウンにやってきた。球団のオーナーの孫娘アリスは、一途で優しく、それでいて速球を投げる達也に恋をする。一方、新体操を卒業し、新たな目標を求めてスポーツカメラマン・藤村の助手を始めた南。しかし、達也がそばにいない寂しさと、その存在の大きさを実感していた。リーグ戦も終盤にさしかかったある日、達也たちはオーナーからエメラルズが今期限りで解散だと聞かされる。最後のシーズンを優勝で飾るべく、達也たちエメラルズナインの快進撃が始まる。

映画「イノセンス」の舞台は、人々が電脳化され、声を出さずとも、コンピューター端末を打たなくとも、ネットワークを通じたデジタルコミュニケーションが可能になる一方、肉体の機械化も進み、人とサイボーグ、ロボットが共存する、2032年の世界。魂が希薄になった時代。決してそう遠くない近未来を舞台に物語の幕が開く。 主人公は、続発するテロ犯罪を取り締まる政府直属の機関・公安9課の刑事バトー。バトーは生きた人形（サイボーグ）である。腕も脚も、その身体のすべてが造り物。残されているのはわずかな脳と、一人の女性、素子（もとこ）の記憶だけ。 ある日、少女型のロボットが暴走を起こし、所有者を惨殺する事件が発生。「人間のために作られたはずのロボットがなぜ、人間を襲ったのか」。さっそくバトーは、相棒のトグサと共に捜査に向かう。電脳ネットワークを駆使して、自分の「脳」を攻撃する“謎のハッカー”の妨害に苦しみながら、バトーは事件の真相に近づいていく。

4年に1度開催されるスポーツの祭典、WSG（ワールド・スポーツ・ゲームス）の東京大会の開会式に併せて、最高時速1,000キロメートルという世界初の真空超電導リニアが開通することが発表される。世界から注目される中、WSGの大会スポンサーが集うパーティー会場から大企業のトップたちが誘拐されてしまう。コナンが解決に向けて動き出し、やがてアメリカのボストンで15年前に起きたWSG連続拉致事件との関連性を見いだす。

7年前、一人の警察官が死んだ。そして3年前、仇討ちを誓ったもう一人もまた……。7年前と3年前に、警視庁の爆発物処理班隊員と捜査一課の刑事が殉職した爆弾事件。それと同一犯によるものと思われる事件が再び発生。犯人が残した警察への挑戦状かのような暗号文。佐藤刑事が止めるのも聞かず、東京都民を守るためにコナンとともに爆弾のありかへと向かう高木刑事。これは、そんな2人の恋物語。

宝石店に怪盗キッドが現われ、コナンが追い詰めるも取り逃がしてしまう。だがコナンはいつものキッドと違う手口から、その正体がルパン三世の変装だったことを見抜く。そんな折、人気歌手エミリオが来日したというニュースが報じられるが、コナンは映像の中にルパン一味の次元大介の姿を見つけ、事件を予見する。やがてルパンから警察に宛て、米花町の銀行の金庫に眠る秘宝・チェリーサファイアをいただくという予告が届き……。

ある夜、橋の上で決闘を申し込まれた桂。体よくあしらおうとした瞬間、鮮血の中で桂が倒れた。 辻斬りによる被害が多発しているかぶき町。そんなある日、エリザベスが万事屋を訪ね、事の顛末と桂があの夜以来行方不明である事を話し、桂の探索と辻斬りについて一緒に調べてもらう様に依頼する。 一方で銀時はエリザベスの当面の依頼を神楽と新八に任せ、元から依頼されていた村田鉄矢・鉄子兄妹の下へ向かう。彼らの依頼は「盗まれた名刀・紅桜を取り返してほしい」。 村田兄妹の依頼を遂行する銀時と桂を探索する神楽・新八・エリザベス、二つの事案が複雑に絡み合い、遂に辻斬りの正体にまでたどり着く。そこには意外な人物がいた。

地球滅亡のカウントダウンが迫る中、かつての盟友である銀時、高杉、桂はそれぞれの想いを胸にひた走る。 だが彼らの前に立ちはだかったのは、あまりにも哀しい絆を持つ人物…… 銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽とは別の人格、虚（うつろ）だった――。 最後にして最大の敵・虚は、自らの命を終わらせるため、地球を丸ごと道連れにしようとしていた。 虚の野望を阻止し、師匠・松陽の悲願を胸に戦い続ける銀時たちを援護するため、新八、神楽、真選組、かぶき町の面々、かつてのライバルたちまでもが参戦する！ 巨大化してゆく虚の力。己の命をかけて対峙する高杉。 ぼろぼろになった銀時が最後に見たものとは…！銀時は果たして、すべてを終わらせることができるのか…！ 星の生命力“アルタナ”のエネルギーで生まれた魔人、虚（うつろ）。 長い年月をかけて生まれ変わりを繰り返してきた不老不死の化け物、 その中でつかの間に現れた人格が、かつて松下村塾を開き、幼い銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽だった…。

異星人・天人（あまんと）の来訪によって開国した別の世界の江戸末期。かつて白夜叉の異名を取る凄腕の攘夷志士だった銀時は、現在では便利屋を営みながら仲間たちと平穏に暮らしていた。そんなある日、銀時は唐突に5年後の世界に連れて行かれる。そこで彼が目にしたものは、自分自身の墓と、奇病により荒廃した江戸の町だった。本来この世界にいない彼は、珍さんと名乗り、なぜか対立する神楽と新八に再会する。

世界で一番危険な結婚式ーー ハロウィンシーズンで賑わう東京渋谷。 渋谷ヒカリエでとある結婚式が執り行われていた。そこには、ウェディングドレスに身を包んだ警視庁・佐藤刑事の花嫁姿。コナン達招待客が見守る中、突然乱入してきた暴漢が襲い掛かり、守ろうとした高木刑事の身に危機が―!? 事態は収束し高木は無事だったが、佐藤の瞳には、3年前の連続爆破事件で、想いを寄せていた松田刑事が殉職してしまった際に見えた死神のイメージが、高木に重なって見えていた。 因縁の爆弾魔ーー 時を同じくして、その連続爆破事件の犯人が脱獄。果たしてこれは偶然なのか？ 公安警察の降谷零（安室透）が、同期である松田刑事を葬った因縁の相手を追い詰めるが、そこに現れた謎の仮装の人物に、首輪爆弾をつけられてしまう。 〈時間〉が動き始めるーー 首輪爆弾解除のために安室が潜伏している地下シェルターを訪れたコナンは、3年前に今は亡き警察学校時代の同期メンバー達と正体不明の仮装爆弾犯「プラーミャ」と渋谷で遭遇した事件の話を聞く。やがて、捜査を進めるコナン達を狙う不穏な影が―。 火が灯された運命のスクランブル。 いま、祝祭のハロウィンが狂乱の夜行へと変貌する―！ 失った過去と、受け継がれた現在。〈時間〉が交錯する時、祝祭のハロウィンが、狂乱の夜行へと変貌する―！