かつて、“ウォッチメン”と呼ばれる者たちがいた。彼らは＜監視者＞となって世界の重大事件に関わり、人々を見守り続けてきた。だが1977年、政府の施行したキーン条例によりその活動を禁止され、ある者は一線を退き、ある者は密かに活動を続けていくことに。1985年、未だニクソン大統領が権力を振るい、ソ連との核戦争に陥りかねない緊張状態にあるアメリカ。10月、ニューヨークの高層マンションからエドワード・ブレイクという名の男が突き落とされ、無惨に殺された。そして、そのそばには血の付いたスマイルバッジが。スマイルバッジは、かつてブレイクがスーパーヒーロー“コメディアン”として活躍していたときのトレードマークだった。現場に現われた“顔のない男”ロールシャッハは、事件の背後に陰謀の臭いを嗅ぎとり、すぐさま“ウォッチメン”と呼ばれたかつての仲間たちの周辺を独自に調べ始めるのだったが…。

看護師アナは夫と暮らすがある朝、怪物のように変貌した隣家の娘に襲われ、夫は命を奪われる。しかも夫は直後、怪物のようになって生き返る。同じころ町では原因不明だが、次々に死者たちがゾンビになってよみがえり、市民を襲っていた。家を後にしたアナは麻薬の売人アンドレなどの生存者たちと出会いながら、あるショッピングモールに到着。モールにはゾンビたちも侵入できず食料も十分だったが、そこもゾンビの群れに襲われる。

人間社会から孤立した女性のみの一族のプリンセスとして生まれたワンダーウーマンは、自分が育ってきた世界以外の環境を知らず、さらに男性を見たこともなかった。ある日、彼女は浜辺に不時着したパイロットと遭遇。彼を救出したことをきっかけに、ワンダーウーマンは身分を隠して人間社会で生活していくことにする。

ブルース・ウェインは、スーパーマンの犠牲を無駄にしないために、ダイアナ・プリンスと手を組み、迫り来る破滅的な脅威から世界を守るためにメタヒューマン・チームを結成することを計画する。