新たにスパイダーマンを継承した高校生のマイルズは、愛する人と世界を同時に救えないという事実にあらがって両方とも守り抜くと誓い、仲間と対立する。

大西洋の小島の港町「スワロー・フォールズ」。イワシの缶詰で有名だが最近は売れなくなったため、島の住人が食べていた。フリントは発明家になることが夢だが発明品はことごとく失敗し周囲からは迷惑がられていた。ある日、水を食べ物に変えるマシン「FLDSMDFR」を開発した。稼働に大量の電力がいるので町の変電所で試したがマシンは空の彼方へ飛んでいき雲を吸い取り、大量のチーズバーガーを降らせたことで町の住人たちは大喜びした。その後、フリントは食べ物を降らせることで皆を大喜びさせ、町の人気者となっていくが、コントロールを乱していったマシンは巨大化した食べ物を生産し始めてしまう。

エメットは、真面目を絵に描いたような性格で見た目は至って普通という、どこを取っても平均的なLEGO(R)のミニフィギュア。にもかかわらず、どういうわけか人知を超えた能力を誇り、世界を救う鍵となる人物だと周囲から勘違いされてしまう。困惑する中、謎めいたグループのメンバーに迎え入れられた上に、バットマンやスーパーマンも入り乱れる巨悪退治の冒険に出ることに。救世主やヒーローの自覚もなければ世界を救う覚悟もない彼は、行く先々で大騒動を巻き起こしていく。

スパイダーマン、死す── スパイダーマンことピーター・パーカーの突然の訃報により、ニューヨーク市民は悲しみに包まれる。13歳のマイルス・モラレスもその一人──彼こそがピーターの後を継ぐ“新生スパイダーマン”だが、その力を未だに上手くコントロール出来ずにいた。そんなある日、何者かにより時空が歪められる大事故が起こる。その天地を揺るがす激しい衝撃により歪められた時空から集められたのは、スパイダー・グウェン、スパイダーマン・ノワール、スパイダー・ハム、そしてペニー・パーカーと彼女が操るパワードスーツ。彼らは全く別の次元＝ユニバースで活躍する様々なスパイダーマン達だった。

襲撃事件から数年が経過したブロックシティは、荒れ果てていた。ある日、お気楽なエメットの前に謎の宇宙人が出現し、ルーシーやバットマンを連れ去ってしまう。仲間の救出に向かったエメットがたどり着いたのは、クイーンが支配する銀河で最も危険な惑星だった。