宇宙…そこは最後のフロンティア。これは宇宙戦艦エンタープライズ号が、新世代のクルーのもとに２４世紀において任務を続行し、未知の世界を探索して新しい生命と文明を求め、人類未到の宇宙に勇敢に航海した物語である。

1928年にエジプトで発見されたリング状の建造物は遥か太古にエイリアンによって作られた異星間移動装置スターゲイトだった。このゲイトの作動に成功したアメリカ空軍は同時に宇宙の侵略者ゴアウルドの存在を知りこれに対抗するために精鋭チームSG-1を結成し、大宇宙の神秘を探査しながら、ゴアウルドの魔手を打ち砕くべく壮大な戦いを始める。

24世紀初頭。辺境の惑星ベイジョーは、近くでワーム・ホールが発見されたため、銀河の果ての、未踏の地への入り口として戦略的重要拠点となった。30年あまりの間、カーデシア人の侵略を受けた惑星ベイジョーの人々は、壮絶な戦闘の末、彼らを撃退した。しかし、その美しかった国土は焦土と化し、資源は全て搾取され、惑星内の情勢は不安定であった。また、カーデシア人の前線基地だった宇宙ステーション“ディープ・スペース・ナイン（DS9）”は防衛機能などの最新設備が破壊されたまま放置された。地球を中心とする150の文明が同盟を組んだ『惑星連邦』は、惑星ベイジョーの連邦加盟のため地球人ベンジャミン・シスコを司令官に任命し、“DS9”に派遣する。ベイジョー奪還をもくろむカーデシア人に包囲され、宇宙探検家、商人、スパイなどさまざまな航行者が行き交う混沌とした宇宙ステーションを舞台に、シスコ司令官ほかクルーたちの活躍を描く。

地獄の王として退屈で不幸なルシファー・モーニングスターは、王位を放棄してロサンゼルスに引退し、ロサンゼルス市警の刑事クロエ・デッカーと協力して犯罪者を倒した. しかし、彼が冥界から離れれば離れるほど、最悪の人類が逃れることができる脅威は大きくなります。