西暦2740年。宇宙を守る任務を帯びたエージェントのヴァレリアンとローレリーヌは、星から星へと飛び回り、あらゆる種族が共存する“千の惑星都市・アルファ”へ派遣される。しかし、その深部には謎の放射線反応が見られ、“アルファ”は滅亡の危機にあった。「10時間以内にその原因を究明せよ」という極秘ミッションを託された2人の前に突如現れたのは、30年前に消えたはずの惑星の住人たちだった。

星座が誕生する以前の古代ギリシア時代。世界を支配していたのはクロノスが率いるタイタンの神々だった。しかし、クロノスの息子の神であるゼウス、ポセイドン、ハデスらオリンポスの神が台頭した。ゼウスはハデスに「父を倒す為の怪物」を創る様に頼んだ。ハデスは自身の肉体を削り恐ろしい怪物クラーケンを創った。クロノスを打ち倒したゼウスたちはそれぞれの支配地を決めたゼウスは天界と神々の王にポセイドンは海洋の王になった。しかし、ハデスはゼウスに騙されて長兄でありながら暗黒の冥界の王となっていた。やがて神々は人間を創り、彼らからの崇拝と愛を糧に不老不死を保っていた。しかし、傲慢の限りを尽くす神々に対し、ついに人間たちは反旗を翻す。