ゴジラシリーズ第17作、「平成シリーズ」第2作（実際に平成になって制作されたのは本作が初）。 1984年、ゴジラに襲撃された新宿で、その被災現場からゴジラ細胞（G細胞）を密かに盗み出した者がいた。中東サラジア国のエージェントである。その国では遺伝子工学の権威・白神博士がG細胞の研究を行っていたのだ。だが“バイオ・メジャー”と名乗る集団に研究所は破壊され、博士は一人娘の英理加を失ってしまう。一方、ゴジラ襲来から5年後の現在、幼い子供たちがゴジラ復活を予言するような夢を見続けている事が判明する。三原山内において再び活動を開始したゴジラに備え、政府は核を制御する抗核バクテリアの研究を白神博士に依頼する。しかし博士は、亡き娘の細胞が埋め込まれたバラと、ゴジラ細胞を融合させ、ビオランテを生み出してしまう。時を同じくし、ついにゴジラが覚醒。ゴジラとビオランテの激闘が始まる！

三田静香は劇団「海」の研究生で、女優になるために努力を重ねる20歳の女性。そんな真摯な静香を公園で見初めた森口は元劇団員の26歳、今は不動産屋の社員をしている。静香は劇団の次回公演『Wの悲劇』の主役選考オーディションに臨むが、同期のかおりが役を射止め、静香は物語の冒頭でひとことだけ台詞のある端役を担当することになった。オーディションに落ちて落ち込む静香に、森口は俳優時代の心理的な苦悩を語る。そして、森口は、静香がスターになれなかったらという条件で結婚を申し込み、反対に静香が役者として成功した場合はサヨナラの意味も込めて楽屋に大きな花束を贈ることを約束する。

元老中・水野忠邦と組んだ大奥・姉小路一派は、お家乗っ取りのため、生後すぐ捨てられたという、徳川家定の双子の兄弟を捜していた。一方、それを知った家定の母は、大奥掃除人の四郎に問題の子の発見と始末を命じる。そんな折、老浮世絵師・葛飾北斎が謎の死を遂げ、犯人を捜す主水は、捜査の中で北斎が最後に描いた似顔絵とそっくりな少女・捨蔵を発見する。実は、彼女こそが大奥の二派が血眼で捜す将軍家の落とし種だった。

怪鳥ギャオスが世界各地に出現し、人類に深刻な被害をもたらす。そんな中、東京・渋谷にギャオスが飛来し、それを追ってガメラも現われ、両者の戦いで渋谷の街は壊滅する。一方、かつてのガメラとギャオスの闘いで両親を失い、現在も激しくガメラを憎む少女・綾奈は、奈良の禁域の森のほこらで、奇妙な卵を発見。やがて卵からは不思議な生物が誕生し、綾奈はそれを“イリス”と名付けてひそかに育てるが、イリスは急速に成長する。

2011年3月11日、午後2時46分に起きた大地震は東日本大震災と呼ばれる状況をもたらし、福島第一原子力発電所、通称“フクイチ”では、津波に襲われた影響で核燃料のメルトダウンが始まる。菅直人総理、枝野幸男内閣官房長官ら官邸は震災への対応に追われる中、“フクイチ”の現状に関する情報が東日電力から来ないことにいら立つ。震災以降、新聞記者の鍋島は関係者たちに取材し、“フクイチ”で何が起きていたかに迫る。

江戸の方々で、口に六文銭をくわえさせられた遺体が発見される。南町奉行所では役立たず扱いされる同心だが、実は仕事人の中村主水は、公務として捜査を始める。一方、主水ら仕事人の元締めである三味線弾きのおりくは、見つかった遺体が仕事人ばかりだと気づき、その裏に大掛かりな陰謀があることを知る。主水らはやがて黒幕が江戸中の“仕事”を独占しようとたくらむ大物仕事人・庄兵衛の一味であることを突き止める。

金を満載した御用船が、佐渡を出航した矢先に何者かに襲われる。事件の噂は江戸中に広まり、金相場の値上がりでひともうけを考える庶民が金座へ押し寄せる騒ぎに発展。一方、主水ら仕事人のもとに、金座を預かる後藤家の女当主・千勢が現われ、死んだ船員たちの仇討ちを依頼する。敵の正体も数も判らない依頼に主水らは躊躇するが、仕事人のひとり、おむらだけは仕事を引き受ける。しかし地獄組と名乗る謎の集団に襲われる。

明治時代、北海道開拓の先兵として強制労働を強いられた囚人たちと彼らを収容する樺戸集治監の管理者たちとの血で血を洗う葛藤、そこに集まってきた女たちの愛憎を描く。

刃傷騒ぎで殺された前任者の代わりに、派手な装束の美青年、奥田右京亮が南町奉行として赴任する。彼は若いながらも老中酒井に引き立てられた野心家だった。一方、同奉行所の同心にして仕事人の主水は、江戸市中を暴れ回る旗本愚連隊の事件を担当していた。長屋で愚連隊に殺された浪人について探りを入れる主水は、子連れの仕事人・文七やなじみの店のおかみ・おふくらの情報から、事件の裏に右京亮が潜んでいることに気付く。

西日本最大のヤクザ一家・館山組の系列下にある京都の拝島組。獄中にいる夫の泰次になり代わって、妻の久仁子が拝島組を取り仕切っていたが、ある日、館山組の総長が急死。その後を継ぐ7代目には、入れ札により、若頭の拝島を差し置いて若頭補佐の半沢にいったん決まりかけるが、入れ札の買収疑惑が持ち上がり、紛糾する事態に。唐津組組長の唐津は、拝島組と半沢組の対立をあおった上で、漁夫の利を得ようと画策する。

主水の同僚であり、隣人でもあった同心・清原が殺された。清原は両替商の枡屋をゆすって金を脅し取ろうとしていたことから、枡屋の代理人・真砂屋に刺されたのだ。主水が捜査を始めた一方、枡屋は主水に刺客を放つが、主水は辛うじて切り抜ける。だがそんな時、主水が手を出した娘が自殺、主水は窮地に立たされる。実はその自殺もまた枡屋の謀略だった。憤る主水は、久しぶりに再会したかんざし刺しの秀ら仲間たちと反撃に転じる。

大竹しのぶ、藤真利子、和由布子、池上季実子ら４人の女優が、猜疑心、嫉妬が入りまじり、悲劇に向かい突っ走っていく女性を演じる。原作は、ミステリーの女王、アガサ・クリスティの「ホロー荘の殺人」。 南紀白浜の絶壁に立つ絹村家の別荘。この家に６人の客が訪れることになっていた。夜、賑やかな会が落ち着いた頃、隣の別荘からまゆみがやって来る。客のひとり、秀雄は、かつて恋仲だったまゆみの出現に驚くが……。