ルンダはおもちゃの星からやって来たゼンマイ仕掛けのお姫様。彼女は「皆が自分のために何かをしてくれる事が当たり前」と考えているわがままなお姫様だった。そんなルンダは、体は大きいが不器用なおもちゃのロボット・ナンダといつも一緒にいた。 ある日、ルンダとナンダは様々な物をおもちゃに変えることが出来る大切な「おもちゃスティック」をアンパンマンワールドに落としてしまった。2人は慌ててスティックを探しに向かうが雷に打たれてしまい、ナンダはクリームパンダ達の所、ルンダはばいきんまん達の所へそれぞれ飛ばされ、離ればなれになってしまう。 果たして2人はアンパンマン達と力を合わせ、スティックを取り戻す事ができるのか。

カロス地方には生命を操るといわれる伝説のポケモンが2体存在していた。1体は生命を与える力を持ったポケモンで「ゼルネアス」と呼ばれた。一方でもう1体はあらゆる生命を奪う力を持ち、「イベルタル」と呼ばれていた。遙か昔、イベルタルはカロス地方の「オルアースの森」で自然やポケモンから生命を奪い、全てを石に変えた末に繭となって眠りについた。その後に現れたゼルネアスは自ら生命を与え、被害を抑える事に成功した。この一連の事件は後に「大破壊」と呼ばれる様になる。 そして時が流れ、舞台はメレシー達が平和に暮らす地底王国「ダイヤモンド鉱国」に移る。幻のポケモン「ディアンシー」が姫として治めている鉱国には巨大ダイヤモンド型のエネルギー源「聖なるダイヤ」が置かれており、鉱国はその鉱石によって形を保ち続けていた。