物語は、娘の雪が、母である花の半生を語るかたちで綴られる。 東京のはずれにある国立大学に通う、女子大生の花は、大学の教室でとある男と出会い、恋に落ちる。その男は自分がニホンオオカミの末裔、「おおかみおとこ」であることを告白するが、花はそれを受け入れ2人の子供を産む。産まれた姉「雪」と弟「雨」は狼に変身できる「おおかみこども」であった。しかし雨の出産直後、男は亡くなってしまう。花は2人の「おおかみこども」の育児に追われるが、都会ではたびたび狼に変身してしまう雪と雨を育てるのは難しく、山奥の古民家に移住する。 人の目を気にすることなく山奥で姉弟は育っていく。蛇や猪をも恐れない活発で狼になるのが好きな雪に対し、弟の雨は内向的であったが、やがて雪は小学校に通うようになり、狼にならないように気をつけ、人間として生きていく。一方で雨は小学校に馴染めず、山に入っては狼となって、一匹の狐を「先生」と呼び彼から山で生きる術を学んでいく。

最近、のび太は何かとぼんやり空想に耽っている。それは魔法の世界に憧れていたからで、それを静香とドラえもんに打ち明ける。2人はまるで本気にしないが、のび太はその夢を諦めきれない。そんな彼はふと、ドラえもんのひみつ道具「もしもボックス」で、魔法の世界を実現させることにした。 しかし、そのもしもボックスで実現した「魔法の世界」は、のび太が期待していたような、魔法で何でも解決できる世界とは程遠く、魔法を学ぶために学校に通わねばならず、魔法の絨毯に乗るには難しい免許と高額の絨毯が必要となるような、いわば文明の礎が科学から魔法にそっくりそのまま摺り替わっただけの代物だった。結局、現実世界と変わらずこっちの世界でも落ちこぼれてしまったのび太は、すっかり落胆する。 だが、この世界でもジャイアンやスネ夫に馬鹿にされると、せめて簡単な魔法の1つでも覚えてから元の世界に戻そうと意気込む。ドラえもんもそんなのび太の心意気を買って必死に応援するが、その矢先に地震が2人、そしてちょうど彼らの元を訪ねていた静香を襲う。彼女によれば、頻発する地震は魔界接近説という、ある魔学博士の仮説と関係しているというのだ。

第二次世界大戦中、マレー半島を舞台に暴れまくった強盗団のボス、ハリマオが残した時価800億ドルともいわれている財宝。その財宝のありかは、熊・鷹・猿の三体の像に隠されている。そこでルパンはアラスカの美術館に保管されている熊の像を盗み出し、次元にバイトとして雇われた五ェ門も連れて、鷹の像があるアムステルダムへと向かった。だが、その財宝を狙う人物がもう1人いた。元イギリス情報部の諜報部員で、あの007のモデルにもなったイギリス貴族のアーチャー卿である。アーチャーはユーロトンネルの爆発落盤事故によってロイド保険に70億ドル以上の負債を抱えていた。そこで、その返済のためにハリマオの財宝をあてようと考えたのだ。

戦後10年を迎えた東京で、少年探偵の金田正太郎と鉄人28号は、戦争で使われた武器の不発弾を狙うロボットと戦闘を繰り広げていた。そんなある日、生き別れになっていた義兄のショウタロウが現れた。金田博士の元で鉄人の操縦士として訓練を受けていたショウタロウは、見事に鉄人を操り敵を倒していった。

筒井康隆の小説『時をかける少女』が原作であるが、原作の物語の映画化ではなく、原作の出来事から約20年後を舞台に次世代の登場人物が繰り広げる物語を描く続編である。

2010年夏。健二（神木隆之介）は高校２年生の草食系男子。数学オリンピックへの出場を逃し、夏休みの予定は世界中の金融やインフラを担うシステム“OZ”の保守点検をするバイトだけ。ある日、健二は先輩の夏希（桜庭ななみ）に頼まれ、長野県上田市にある彼女の実家に行くことに。憧れの先輩との旅に胸を躍らせる健二。しかし夏希は曾祖母・栄（富司純子）の誕生祝いのために親戚一同が集合した場で、突然、健二が自分のフィアンセだと紹介！実は、夏希が健二を連れてきたのは、病気がちな栄を安心させるための苦肉の策。うろたえながらも、健二はフィアンセのふりをすることになってしまう。 個性豊かな面々が集まり賑やかな宴会がスタートするが、そこに曾祖父の隠し子・侘助（斎藤歩）が現れた。一族の異端児である侘助の登場で、楽しかった宴会の雰囲気は一変。さらに翌朝。仮想世界のOZが何者かによって荒らされ、現実社会でも各所で大混乱が勃発。しかも何故か、健二がその混乱を巻き起こした張本人だと報道されてしまい…！？

イタリアのジェノバにあるサン・ジョルジョ宮殿で、マルコ・ポーロの書いた旅行記『東方見聞録』の幻の一ページ・アナザーページが発見された。そのアナザーページには、マルコ・ポーロが遺した財宝の在り処が記されているという。いつものように不二子にお願いされてアナザーページを盗むことになったルパンは、難なくサン・ジョルジョ宮殿に侵入するが、そこでルパンは、アナザーページを発見したテオ・アルジェント教授が何者かに殺される瞬間を目の当たりにする。アナザーページを手にサン・ジョルジョ宮殿を脱出するルパンに黒服の集団が襲いかかるが、彼らは突然炎に包まれ消えてしまった。