まだ幼かったあの日。父、ケン は幼いアネモネを残して戦いに赴き、そして帰ってこなかった。ちゃんとお別れを言うことができなかったアネモネの小さな胸に深く残る後悔。７年が経過した。アネモネは父が散った戦場――東京にいた。人類の敵、７番目のエウレカ＝エウレカセブンと戦うための組織・アシッドの一員として、アネモネには人類の希望が託されていた。そして、アネモネはエウレカセブンの中へとその精神を送り込む。アネモネがエウレカセブンの中で出会ったのは、ドミニクという青年と、エウレカという青緑の髪をした少女。この出会いは何を意味するのか。そして、見え隠れするレントンという名の少年の姿。アシッドに囚われていた謎の男・デューイは予言する。「お前たちが見ているエウレカセブンはエウレカセブンではない。偽りの神が創っては破棄した無数の不要な世界。いわばゴミの山だ」アネモネとエウレカが出会った時、全ての真実が明らかとなり、新たな世界の扉が開く──。

ルパン三世との共謀の容疑で、銭形警部に逮捕令状が出される。それを知ったルパンはテレビに出演し誤報であることを伝えるが、誤解を解く代わりに特別なダイヤモンド「タイムクリスタル」を盗むはめになる。そのダイヤは、世界征服をも可能にするスーパー量子コンピューター・エミルカを起動するために必要なものだった。ルパンは見事ダイヤを盗むことに成功するが、仲間のはずの次元に奪われてしまう！　その頃ロンドンではショパンコンクール最有力優勝候補の少女・アリサが誘拐される。

「個別の11人事件」後、草薙素子が公安9課を去って2年経った西暦2034年。草薙が失踪したことにより組織の変革を余儀なくされた9課は、課員を大幅に増やし「10の力で1つの事件を解決する組織」から「8の力で3つの事件を解決する組織」へと方針を転換。加えてトグサをリーダーに任命し、新体制の下で犯罪の抑止にあたっていた。 バトーはこれになじまず、新入隊員の訓練教官を務める傍らで「個人的推論に則った捜査」として単独行動を取っていた。そんな中、梵字の刺青を入れた男たちが相次いで不審な自殺を遂げる事件が発生。彼らはシアク共和国のカ・ルマ元将軍に忠誠を誓い、マイクロマシンによるテロを画策していた工作員であることが判明。それについてカ・ルマの嫡子であるカ・ゲル大佐が取り調べに応じたが、突如として国外逃亡を図り、人質を取って新浜国際空港に立てこもる。トグサ率いる9課はカ・ゲルを追い詰めるも、彼は突然「傀儡廻（くぐつまわし）が来る!」と叫び、トグサの目の前で拳銃自殺してしまう。この一部始終を、失踪したはずの草薙が離れた場所から監視していた。 立てこもり事件から数日後、単独で捜査を行っていたバトーは草薙と再会する。草薙はバトーに「Solid State には近づくな」と謎の警告をする。捜査が進むにつれ、バトーは草薙が「傀儡廻」ではないかと疑い出す。

魔法界に伝わる、どんな願いも叶えてくれるという伝説の「願いの石」。その復活を祝うため100年に一度開かれるという「大魔法フェスティバル」にみらいたちはやってきた。願いの石に向かって願い事をしていたところ、その石の力に選ばれたのはモフルンだった。しかし、モフルンは自分としての願いはなく、むしろみらいたちの願いを叶えて欲しいという。 その最中突然現れた謎のクマ、ダークマターがフェスティバル会場を襲う。みらいたちはプリキュアとなって応戦するが、ダークマターには刃が立たない。そしてダークマターは自らの願いを叶えさせるために願いの石を強奪した上にモフルンを連れ去ってしまい、みらいとリコはプリキュアに変身出来なくなってしまう。 みらいたちはモフルンを救うため探しに出ることになり、モフルンもダークマターの元から逃げ出した先のクマたちが住む森で出会った、クマの男の子・クマタと交流するが、そうした中でみらいもモフルンも今自分が本当に願うことを感じるようになる。そして、みらいと再会したとき、モフルンのある願いが石に通じ、奇跡をおこすことになる。

ある日、いちかの前にサクラと名乗る謎の少女が現れた。「桜が原」という異世界から来たというサクラは、鴉天狗によって連れ去られた友達の狐であるシズク、そして奪われた桜を取り戻すため、「スイーツ」「宝石」「鍵」のプリキュアを探しているという。 いちかたち『キラキラ☆プリキュアアラモード』の5人は、『魔法つかいプリキュア!』・『Go!プリンセスプリキュア』とともにサクラを助けるため、「桜が原」に向かうことになる。

世界中の人たちに愛される歌手・ウタ。彼女の歌声は別次元と評されるほどだが、その素性は明かされていなかった。そのウタのライブが開催される島に海賊や海軍が集結。その中には何も知らずにライブを楽しみにきたモンキー・D・ルフィら麦わらの一味の姿もあったが、そこでウタがシャンクスの娘だという衝撃の事実が発覚する。

人里離れた土地に住み、ヒビオルと呼ばれる布に日々の出来事を織り込みながら静かに暮らすイオルフの民。10代半ばで外見の成長が止まり数百年の寿命を持つ彼らは、“別れの一族"と呼ばれ、生ける伝説とされていた。両親のいないイオルフの少女マキアは、仲間に囲まれた穏やかな日々を過ごしながらも孤独を感じていた。ある日、イオルフの長寿の血を求め、レナトと呼ばれる古の獣に跨りメザーテ軍が攻め込んできてイオルフ一番の美女レイリアはメザーテに連れさられ、マキアが密かに想いを寄せる少年クリムは行方不明になる。マキアはなんとか逃げ出したが、仲間も帰る場所も失ってしまう。虚ろな心で暗い森をさまようマキア。そこで呼び寄せられるように出会ったのは、親を亡くしたばかりの“ひとりぼっち"の赤ん坊だった。

趣味の絵と本と想像の中で、自分の世界を生きるジョゼ。幼いころから車椅子の彼女は、ある日、危うく坂道で転げ落ちそうになったところを、大学生の恒夫に助けられる。 海洋生物学を専攻する恒夫は、メキシコにしか生息しない幻の魚の群れをいつかその目で見るという夢を追いかけながら、バイトに明け暮れる勤労学生。 そんな恒夫にジョゼとふたりで暮らす祖母・チヅは、あるバイトを持ち掛ける。それはジョゼの注文を聞いて、彼女の相手をすること。 しかしひねくれていて口が悪いジョゼは恒夫に辛辣に当たり、恒夫もジョゼに我慢することなく真っすぐにぶつかっていく。そんな中で見え隠れするそれぞれの心の内と、縮まっていくふたりの心の距離。その触れ合いの中で、ジョゼは意を決して夢見ていた外の世界へ恒夫と共に飛び出すことを決めるが……。

幼い頃にけがをさせてしまったランスロットと、久しぶりに再会を果たしたトリスタン。命の危機に陥った母を救うため、トリスタンは自身の内に渦巻く闇の力に打ち勝てるのか!?