創聖紀0011年の地球。11年前の大異変により人類は既にその人口の2/3を失っていた。南極の氷が溶解し、1万2千年前に滅びたはずのアトランディアが出現、翼をもつ堕天翅族が蘇った。彼らは高度な科学で作り上げた生物機械兵器神話獣を次々と人類の都市に送り込み人間を捕獲していった。生体エネルギー“プラーナ”を摂取するためである。異変後に、特殊機関“地球再生機構ディーバ（DEAVA）”が設立された。そのエレメント候補生リーナは、アトランディアの勇者“太陽の翼”の復活を予言する。人類は反撃を期して海底遺跡から3機のハイブリッド戦闘機“ベクターマシン”を発掘していた。1万2千年前、堕天翅族を滅亡へ追い込んだとされる伝説の兵器である。ベクターマシンが合体することにより、機械天使アクエリオンが姿を現す。