近未来。人間とロボットが共存する巨大都市国家メトロポリスは、有力者・レッド公の超高層ビル“ジグラット”のオープンにわきたっていた。ところが、そのビルこそ世界征服を企むレッド公の野望の拠点となるべき城砦でもあったのだ。そして、その最上階に座るロボット守護神・ティマが、臓器売買、生体実験の罪で国際手配されているロートン博士の手によって今まさに完成されようとしていた。しかしその直前、ロートン博士はレッド公の養子で、世界の支配権をロボットに委ねることをよしとしないロックによって殺害され、研究所も破壊されてしまう。ただティマだけは、ロートン博士を追って日本からやって来た私立探偵・伴俊作の甥・ケンイチによって炎の中から助け出され、メトロポリスの地下へと逃げ延び、そして地下生活の中で、ティマとケンイチは人間として心を通わせるようになるのであった。しかし、レッド公の陰謀によって勃発した反ロボット革命派のクーデターに巻き込まれたふたりはレッド公の手に落ち、更にレッド公によって自分がロボットだと知らされショックを受けたティマは、全世界のコンピュータを支配する超コンピュータに変身すべく、自ら進んで超人の椅子に座した。だがその時、ティマを破壊しようとしたことを咎められ、レッド公によってジグラットを追放されていたロックがビルを爆破。全てが崩れ去る中、ティマも瓦礫の下敷きとなってしまう。ティマを失い愕然とビル崩壊現場を彷徨うケンイチ。そんな彼に、ロボットたちがティマの部品を集めてくれる。

拓也たちはデジタル激しいワールドの外れの島に迷い込んでしまう。 拓也・純平・友樹は“人型族デジモン”に助けられ、 いっぽう輝二と泉は“獣型族デジモン”の手厚い歓迎を受ける。 しばらくして、島の人型族と獣型族が激しく対立してる事を知る５人。 対立のわけを調査していく中で明らかになる驚くべき真実と敵の正体…。 誰もがだまされてしまうこの強敵を、君は見破ることが出来るか！？