序章 アクマイザーと呼ばれる魔界の者たち、ザタン・イール・ガーラが地の底から甦り、太古の昔に目論んだ地上侵略を再開した。 アクマイザーたちは秘術を使用し、歴代ライダーたちと戦ったヤミー・ドーパントといった怪人たちを続々と生み出していく。 『仮面ライダーフォーゼ』 天ノ川学園高等学校で起こった仮面ライダー部とホロスコープスの戦いから5年後。卒業したライダー部の面々[5]がそれぞれの道を歩む中、如月弦太朗 / 仮面ライダーフォーゼは天高の教師となり、宇宙仮面ライダー部も部員1名でありながら健在していた。 そんな中、天高に潜む謎の集団「怪人同盟」が旧人類に代わって世界を支配しようと暗躍を始める。 『仮面ライダーウィザード』 ファントムたちの陰謀を食い止めるために日々戦っている、指輪の魔法使いこと操真晴人 / 仮面ライダーウィザード。そんなある日、モンスターを無限に生産するマシンによって騒動が発生する。 事件解決のため、ある人物のアンダーワールドへ侵入した晴人たちは、そこで魔法使いの上村優 / 美少女仮面ポワトリンと出会う。 『MOVIE大戦アルティメイタム』 フォーゼ・ウィザード、2人のライダーの戦いが交わった時、アクマイザーの野望も最終局面を迎えようとしていた。そこへメテオ・なでしこ・オーズ・バース・W・アクセルといった歴代ライダーたちも加わり、8大ライダーは怪人大軍団との決戦に挑む。

ある夜、金色の魔法使いにコヨミが誘拐された。コヨミを追ってきた操真晴人の前で金色の魔法使いはコヨミの魔力と自分のクリエイトウィザードリングの魔力を利用し、虹色に輝く光の竜巻を発生させる。その竜巻に巻き込まれた晴人は何とかコヨミの手を掴んだものの、意識を失ってしまう。 そして夜が明け、目覚めた2人が目にしたのは、一見すると普段通りの風景であるものの、周りの人々はみな魔法を使って暮らしている光景であった。世界は虹色の竜巻によって魔法使いの国に変えられてしまっており、全ての住人は魔法使いとして、ホウキで空を飛んだり、使い魔をペットとして扱うことがごく当たり前の日常を送っていた。さらにお金の代わりに魔力で売買を行う魔力流通システムが、この世界における社会の根幹をなしていた。そんな不思議な世界で晴人とコヨミは協力者である奈良瞬平と大門凛子、さらには仁藤攻介と出会うが、この世界に元々いた住人となっていた彼らは2人のことも全く知らぬ素振りを見せており、輪島繁の面影堂も魔法の指輪を扱うショップに様変わりしていた。 その面影堂では、かつて虹色の竜巻で母親と離れ離れになったシイナという少年が働いていた。母親を捜して街をさまよっていたある夜、シイナは偶然にも「金色の魔法使い」が虹色の竜巻を使って人々を攫う姿を目撃し、金色の魔法使いの正体が国を治めるマヤ大王ではないかと推測する。シイナの言葉を信じる晴人は仁藤と共にマヤ大王のいるエメラルド城に潜入し、魔力流通システムの秘密とそれを利用したマヤ大王の恐るべき計画を知る。しかし秘密を知った晴人はマヤ大王によって、異世界からの侵略者として指名手配されてしまう。

超能力者が集う街・咲良田。世界が改変されても、もとの記憶を忘れない“記憶保持”の力を持つ少年・ケイと、世界を最大3日分巻き戻せるが、自分の記憶も戻ってしまう“リセット”能力者の少女・春埼。ともに行動することで過去の改変が可能な2人は、超能力者を統率する公的機関・管理局の下で人々を救っていた。一方、ケイはかつてリセットがきっかけで同級生だった相麻菫を死なせたことへの自責の念を持ち続けていた。

ケイと春埼は、さまざまな能力者たちの力を組み合わせ、ついに2年前命を落としたかつての同級生・相麻菫を復活させた。だがそれを境に、秩序を保っていた咲良田のいたるところで能力の暴発事件が発生する。一方、管理局の対策室室長・浦地は、咲良田から能力を消す“一掃計画”を発動。記憶操作により誰もが能力の使い方を忘れ、そもそも能力があったことすら忘れてしまった。ただひとり、“記憶保持”の力を持つケイを除いて。

かつて仮面ライダーたちと戦ったショッカーが、魔法の力を得た宇宙規模の組織「スペースショッカー」として復活した。スペースショッカーは全宇宙を征服するため、まずは地球に狙いを定める。 一方、地球では操真晴人 / 仮面ライダーウィザードが白銀のコンバットスーツ戦士・十文字撃 / 宇宙刑事ギャバンtype-Gから攻撃を受けていた。戦闘の中でギャバンはウィザードに対する誤解を一応解くが、銀河連邦警察の命令に背いたため、銀河連邦警察隊長の一条寺烈 / 初代宇宙刑事ギャバンから宇宙刑事の資格を剥奪されてしまう。一方、晴人はスペースショッカーと戦うが、スペースショッカーの作った魔法陣に吸い込まれ、スタジアムに吹っ飛ばされてしまう。晴人は突如現れた獣電戦隊キョウリュウジャーのメンバーと出会うが、桐生ダイゴ / キョウリュウレッドは、晴人を敵か味方か確認するため、晴人に勝負を挑む。剣と剣でぶつかり合う晴人とダイゴだったが、乱入した伊狩鎧 / ゴーカイシルバーと出会う。鎧と共に晴人は撃から衝撃の事実を教えられる。どうやら宇宙各地では魔法の力が同時多発的に暴走しており、地球はもちろん宇宙全体も破滅の危機にあると言うのだ。終末のカウントダウンが刻一刻と迫りつつある中、晴人と撃達は事件の解決にあたることとなった。

難事件に立ち向かう晴人、仁藤、凛子、そして仮面ライダー刑事たち。瞬平は仮面ライダーメイジとしてヒーローに!?勘違いを繰り返すメデューサに、コヨミは得意の占いでお悩み解決!?これぞ珠玉の爆ショータイムだ！

現実の男性にまったく期待していない女性は、妄想でシナリオを書き、恋愛シミュレーションゲームプランナーとして活躍している。ある日、新しいゲームの制作依頼をきっかけに出会ったのは、キャリアもルックスも完璧だが女心を理解できないアプリ会社の社長。企画会議で喧嘩を繰り広げながらも、彼女はその社長に好意を抱き始める。