世界的な怪盗、ルパン三世が今回狙うのは「天球の水晶」。7本ある水晶のうちの1本がフランスの大富豪の手にあることを知ったルパンは、予告状を送りつけた。予告状を聞きつけて銭形警部も警備に加わり厳戒態勢を敷く。その頃、館全体が突如として停電、ショーに出演していた大富豪の娘3人の衣服が消滅してしまい全裸の3人だけがライトアップされ注目を集めてしまう。ルパンは混乱に乗じて見事に水晶を盗み出して逃亡を図る。

ある夜、次元は女性記者のエリナにルパン三世との出会い、いわゆる「ファーストコンタクト」を語り始めた。 ルパンとその仲間達の出会いが初めてあかされる。次々と起こる事件の中、出会うルパンと次元。その中で友情、裏切りが描かれる。そこにルパンと不二子の初めての出会いも織りまぜ、話は二転三転する。また、犯人捜査のため、警視庁からニューヨーク市警を訪れた銭形もはじめてルパンと遭遇する。そして、斬鉄剣を求めて五ェ門も登場する。今回のお宝「クラム・オブ・ヘルメス」を追う中で、錯綜する人間関係。おなじみのメンバーである次元、不二子、五ェ門、銭形警部は一体どのようにして出会ったのか。そして、ルパンと次元はそれぞれ相手の腕前をどう思っているのか、また五ェ門の持っている斬鉄剣の秘密など、ルパンと仲間達の過去が今明らかになる。

ルパンと次元がマフィアのイワン・クロコビッチ（通称、ラッツ）が経営するカジノから現金を盗む。その半分を飛行機に使うが、ルパンの無理な操作で飛行機はスコットランドに墜落。墜落先の教会ではルパンの旧友マーク・ウィリアムズの葬儀が行われていた。その夜ルパンと次元はマークの盗品保管庫に行き、ロシアのツングスカに墜落したUFOのカケラトリックダイヤを盗もうとした。しかしそこにトリックダイヤは無く、銭形警部に捕まってしまう。しかし不二子のおかげで見事に逃亡。ルパンたちは教会の地下に行き、トリックダイヤを手に入れるには、マークが以前に盗んだ芸術作品（それらはベーブ・ルースなど歴史的人物に纏わるものだが、傍から見ると下らない代物ばかり）6つをルパンたちが元の場所に七日以内に返却しなくてはならない事を知る。

一護の暮らす現世の町・空座町（からくらちょう）。ある時、町に認識不能の霊生物“欠魂（ブランク）”が大量発生する異変が発生、一方尸魂界（ソウル・ソサエティ）では空に現世の景色が映し出される。世界崩壊の前兆とされるこれらの事態を前に、現世と尸魂界の秩序を守る護廷十三隊の死神たちは浮き足立つ。そんな中、現世にいる一護やルキアは、欠魂を一掃してみせた死神の少女・茜雫（せんな）と出会う。

あるニューヨークの競馬場。人気No.1の競走馬・ワシントンが優勝。しかし、騎手はルパンであり、麻酔銃で眠らせるという姑息な手を使っていたため、銭形には正体を見破られていた。もちろん、ルパンはワシントンとその競走馬に賭けて大金を手に入れた次元と共に競馬場を逃走した・・・、という6日後に行うその競馬場の売上金の強奪計画の完璧なシミュレーションをある宿舎で立てたルパン。前祝だと街へと繰り出し、途中用事を思い出した次元と別れたとルパンは、怪しげな男たちに追われている少女・ミシェルを助ける。彼女はルパンに悪事を働いている父親・ガズ・キューイックからダイヤ「女神の涙」を奪い、悪事を阻止してほしいという依頼を受ける。6日後には競馬場の金、上手くすればダイヤも手に入るかもしれないとふんだルパンは彼女の依頼を受けることにする。

炎に包まれたニブルヘイム。ティファは逃げろという師ザンガンを振り切り父を救うため魔晄炉のセフィロスの下へと行ってしまう。そのことを聞いたザックスもセフィロスの下へ向かい、魔晄炉でソルジャー同士の戦いが始まる。しかし、ソルジャークラスファーストのザックスもセフィロスには及ばず倒れてしまう。セフィロスがジェノバの首を斬り取った瞬間、後ろから一人の神羅兵に刺される。その後ティファを抱きかかえたその顔は、クラウドだった。ザックスからセフィロスにとどめをさせといわれたクラウド。バスターソードを再び手に取り立ち向かうクラウドだが逆に正宗を胸に突き立てられ形勢を逆転させられてしまう。しかし、クラウドは刺さった正宗を掴みセフィロスを振り払った。セフィロスはそのクラウドの様子に不適な笑みを浮かべ、ライフストリームに降りていった。その後駆けつけた神羅、ツォン、宝条らは、クラウドとザックスを収容する。