大規模な地殻変動によって日本列島が海中に沈没するという危険性が指摘され、それを証明するかのようなマグニチュード8以上の大地震が次々と発生する。そんな中、大地震の被害にあった潜水艇のパイロット小野寺と幼い少女美咲は、ハイパーレスキュー隊員の阿部に救出される。

敗戦が間近に迫った日本。広島市に世界最初の原子爆弾が投下された。海軍軍令部の浅倉大佐は第2の原爆を阻止するため、閑職に追いやられていた絹見少佐を同盟国ドイツからの譲渡潜水艦「伊五〇七」（フランス海軍潜水艦シュルクーフ→ドイツ海軍潜水艦UF-4→伊五〇七）の艦長に任命、独断で作戦を決行した。 「伊五〇七」にはナチス・ドイツの開発した特殊音響兵装「ローレライ・システム」が搭載されていた。定員に満たない寄せ集めの乗員たちは日本最後の希望として出撃するが、その裏には浅倉の恐るべき野望があった。