一杯飲み屋菊の家の店主・塩沢は、どんな困難な殺人も針一本でやってのける殺し屋だった。ある日、無銭飲食でつかまりそうになった圭子を助けたことから、彼女は塩沢の店に住み込みで働き始める。

旅を続けるサトシたちのもとに、一通の招待状が届いた。しかしそれは、ミュウツーの罠だった。そうとも知らず、サトシたちは大荒れの海を渡り、ある島を目指す。そこで待ち受けていたのは、オリジナルからさらに強いポケモンをつくり、人間たちへの逆襲を計画する最強のポケモン“ミュウツー”だった。

「男はつらいよ」シリーズ第47作。大学を卒業し、靴メーカーの営業マンとなった満男が、滋賀県長浜市に住む大学の先輩・川井信夫（山田雅人）から祭りに誘われる。休暇をとって、長浜にやってきた満男は、先輩の妹・菜穂（牧瀬里穂）と最悪の出会いをして、そうそうに揉めてしまう。一方、寅さんは、琵琶湖畔で撮影旅行をしている主婦・典子（かたせ梨乃）と出会う。典子がアクシデントで怪我をしてしまったこともあって、同じ宿に泊まる。そこで典子から冷えきった夫婦の話を聞かされた寅さんは、彼女に同情するが…

やくざ渡世に嫌気がさした座頭市は、旧師の彦の市を訪ねようと思い立ち、麻生の宿へとやって来る。ところが、彦の市は何者かに惨殺され、その娘のお小夜は、宿場の親分・辰五郎によって無理やり女郎屋に売り飛ばされ、激しい折檻を受けて座敷牢に閉じ込められていた。市は、お小夜を取り戻すべく、辰五郎の賭場に乗り込んでバクチの勝負に挑むが、そこで壺を振ることになったのは、先に市と宿で知り合った流れ者の軍十郎だった。

全てのポケモンの“はじまり”と言われ、「清らかな心と、会いたいと強く願う気持ち」の2つを持つ冒険者の前にだけ現れるという幻のポケモン・ミュウ。世界中のポケモン研究者がその行方を追う中、ついにある科学者がミュウの化石を発見し、それをもとに禁断の行為に手を染めてしまう。人間のエゴによって生み出された伝説のポケモン・ミュウツーは、自身の存在理由も分からないままに兵器としての実験を繰り返され、心の中に人類への憎悪の念を宿していく。