ある朝、警視庁特命係の狭い部屋に出勤前の2人を待つ1人の男の姿があった。元警視庁特命係、現警察庁長官官房付の神戸尊。杉下右京にとっては懐かしい、そして甲斐享にとっては見慣れない顔。きっかけとなったのは、「馬に蹴られて男性死亡」と見出しに記された小さな三面記事だった。東京から300キロ離れた太平洋に浮かぶ鳳凰島という聞き慣れない島で起こった、一見ありふれた事故としか思えない記事。尊が特命係を久々に訪れたのは、その事故を手がかりに特命係をその島に潜入させて、妙な噂が絶えない島の実態を調査させるという、警察庁次長甲斐峯秋からの密命を受けたからだった。「確かめてみたくありませんか？」。尊は2人をそそのかし、鳳凰島への経由地となる八丈島行きの航空券2枚をデスクに置いて特命係の部屋を出ていく。 気乗りしないまま、八丈島から小型艇に乗って鳳凰島へと向かう特命係の2人。そこはある実業家が個人所有している島で、島内では元自衛隊員たちが訓練のために共同生活を送っていた。2人を事故現場へと案内するグループのリーダー神室司と高野志摩子。右京と享は、表面上は穏やかに、しかし、あからさまに「招かれざる客」として島の人々に迎えられていた。 事故で亡くなったのは、島での訓練に一時的に参加していた予備自衛官の会社員だった。当初、事故調査は島へと潜入するための口実に過ぎなかったが、右京は現場の調査で持ち前の嗅覚と洞察力を発揮。それは「事故」ではなく「殺人事件」に違いないとの確信を深め、極秘に鑑識課米沢守に連絡をとって証拠をつかもうとする。一方、警視庁内でも新たな動きを見せ始めていた。享の父親、峯秋の働きかけによって、右京と享を東京に連れ戻すという名目のもと、捜査一課の伊丹憲一、三浦信輔、芹沢慶二が特命係の後を追って島へと送り込まれることになったのだ。 特命係、捜査一課、そして鑑識課米沢。いつもの面々が島で再会し、事件の鍵を握る決定的な証拠を得て島の宿舎に戻ろうとした時、迷彩服に身を包んだ特殊部隊が彼らに襲いかかった。その計算され尽くした襲撃は、島で右京や亨が見た訓練中の元自衛隊員たちとは明らかに異なる手法のものだった。 彼らを襲ったのは一体何者なのか？　そして、事件の真相の先にあるこの島に隠された秘密とは一体何なのか？

田舎町を出て、東京の大学へ行きたいと考えているユウの気がかりは、実家の"UFO食堂"のこと。彼女は店を手伝うアルバイトを募集するが...。

昭和初期の神戸。洋服仕立て職人の父・盛夫とキリスト教徒の母・敏子の間に生まれた肇は、胸にイニシャル「H」が入ったセーターを着ていることからエッチというあだ名が付いていた。好奇心旺盛で曲がったことが嫌いな肇だったが、オペラ音楽について指南してくれた近所の青年が特別高等警察に逮捕されるなど、第2次世界大戦の開戦を機にその生活は暗い影を帯びていく。やがて、彼は盛夫に対するスパイ容疑、学校で行われる軍事教練、妹の疎開といった出来事に直面する。

英国で日本領事館関係者の集団毒殺事件が起こり、その唯一の生き残りだった少女が国際犯罪組織によって誘拐されたが、当時の駐英大使と日本政府はその誘拐事件を闇に葬っていた。 それから7年。国際犯罪組織バーズのリーダー＝レイブンを長年追ってきた国連犯罪情報事務局・元理事のマーク・リュウが、香港から来日。特命係の杉下右京と冠城亘は、社美彌子からの指示で案内役としてリュウに同行していたが、リュウの部下が「天谷克則という男を調べてくれ」というメッセージを残して黒衣の男に殺害される。 外務省のホームページをハッキングした犯行グループは7年前に誘拐した少女＝鷺沢瑛里佳の現在の姿を動画で公開し、約9億円の身代金を要求した。特命係の2人は周囲を巻き込みながら事件解決へと独自に動き出す。 世界の要人を招いて国際平和会議が開かれる予定の日本はテロに屈しない姿を示さなければならないが、今回の要求を無視すれば少女は国から二度棄てられてしまう。様々な思惑が交錯する中、右京は犯人グループの真の標的は東京・銀座での世界的なスポーツ大会の凱旋パレードだと気づく。 事件の鍵を握る“天谷克典”とは何者なのか？ 黒衣の男の正体は国際犯罪組織バーズのリーダーなのか？ 彼の本当の目的は？日本中が歓喜に包まれた凱旋パレードの真っ只中、右京は真犯人を追い詰めるが、その先には誰も想像してなかった“真相”と“未来”が待ち受けていた。

謎の記号から始まる首都壊滅のカウントダウン 浮かび上がる巧妙に仕組まれた爆破計画!? 東京郊外の巨大なテレビ塔で元人気ニュースキャスターの仲島孝臣の死体が発見された。現場には「f6」という謎の記号が――。 警視庁特命係の杉下右京と亀山薫は、刑事部長らから、小包爆弾のターゲットとなった衆議院議員の片山雛子の護衛を命じられた。雛子は爆発物で襲われるも、無事に海外視察に出立。襲撃現場には「d4」の記号があった。 右京と薫は、会員制webサイトSNS内に「処刑リスト」と名づけられた掲示板があることを知り、仲島と雛子の事件が予告殺人だったことを突き止める。さらに、2週間前に交通事故死していた来生判事の名前もリストに連ねられ、その事故現場から「e4」の記号を発見した右京は、それらの暗号がチェスの手を示す棋譜の記号で、一連の事件は連続殺人であると確信する。 手詰まりとなった捜査一課をよそに、右京は「処刑リスト」サイトを管理者から乗っ取ったという正体不明の人物のアドレス「[email protected]」にあてて、次の一手をメールしていた。意外にも返事があり、そのまま真剣勝負の対局へ。薫らが見守る中、ついに右京が「チェックメイト」を告げる。そしてその投了図から驚愕の事実が発覚！それは未曾有の大事件の始まりだった。右京と薫が史上最大の難問に挑む!!

寂れた田舎に暮らす主婦・朝子と少女時代の朝子。ふたつの時代、それぞれの思いがけない一日が交差する。