一護の暮らす現世の町・空座町（からくらちょう）。ある時、町に認識不能の霊生物“欠魂（ブランク）”が大量発生する異変が発生、一方尸魂界（ソウル・ソサエティ）では空に現世の景色が映し出される。世界崩壊の前兆とされるこれらの事態を前に、現世と尸魂界の秩序を守る護廷十三隊の死神たちは浮き足立つ。そんな中、現世にいる一護やルキアは、欠魂を一掃してみせた死神の少女・茜雫（せんな）と出会う。

尸魂界（ソウル・ソサエティ）の中心・瀞霊廷。謎の姉弟の暗躍によって巨大な霊子爆発が発生、瀞霊廷は壊滅の危機に陥り、事態を目撃していたルキアも行方不明となってしまう。一方、現世でその知らせを受けた一護はただちに尸魂界へと向かうが、恋次たち護廷十三隊の死神たちはなぜかルキアの存在を忘れ、ルキアから死神の力を授かった一護に関する記憶も失っていた。隊士たちに追われながらルキアを捜す一護だった。

西暦2030年、電脳化が一般化され情報ネットワークが高度化する中で、光や電子として駆け巡る意思を一方向に集中させたとしても、「孤人」が複合体としての「個」となるまでには情報化されていない時代。複雑化する犯罪に対抗するため、内務省直属の独立防諜部隊として設立された「公安9課」（通称「攻殻機動隊」）の活躍を描く。サイバー犯罪の捜査やテロリズムの抑止・検挙、要人警護、汚職摘発など極秘裏な任務は多岐にわたるが、遂行していくうちにある一つの事件が浮かび上がっていく。

「個別の11人事件」後、草薙素子が公安9課を去って2年経った西暦2034年。草薙が失踪したことにより組織の変革を余儀なくされた9課は、課員を大幅に増やし「10の力で1つの事件を解決する組織」から「8の力で3つの事件を解決する組織」へと方針を転換。加えてトグサをリーダーに任命し、新体制の下で犯罪の抑止にあたっていた。 バトーはこれになじまず、新入隊員の訓練教官を務める傍らで「個人的推論に則った捜査」として単独行動を取っていた。そんな中、梵字の刺青を入れた男たちが相次いで不審な自殺を遂げる事件が発生。彼らはシアク共和国のカ・ルマ元将軍に忠誠を誓い、マイクロマシンによるテロを画策していた工作員であることが判明。それについてカ・ルマの嫡子であるカ・ゲル大佐が取り調べに応じたが、突如として国外逃亡を図り、人質を取って新浜国際空港に立てこもる。トグサ率いる9課はカ・ゲルを追い詰めるも、彼は突然「傀儡廻（くぐつまわし）が来る!」と叫び、トグサの目の前で拳銃自殺してしまう。この一部始終を、失踪したはずの草薙が離れた場所から監視していた。 立てこもり事件から数日後、単独で捜査を行っていたバトーは草薙と再会する。草薙はバトーに「Solid State には近づくな」と謎の警告をする。捜査が進むにつれ、バトーは草薙が「傀儡廻」ではないかと疑い出す。

「個別の11人」を名乗るテロリストの事件を発端に、公安9課復活の経緯から9課と敵対する内閣情報庁の登場と暗躍、個別の11人事件と、それに伴うクゼの登場からその追跡の模様、その他一話完結のストーリーを織り交ぜながら展開していく。後半は内閣情報庁の情報操作や工作活動によって国民の難民への不信感と反発がさらに増し、その結果として生じた招慰難民の一斉武装蜂起、クゼによる「革命」や自衛軍による出島総攻撃、米帝による出島への核攻撃などが描かれる。

尸魂界（ソウル・ソサエティ）の王族の秘宝“王印”の警護の任についていた日番谷率いる十番隊は、運搬中に謎の一団の襲撃に遭い“王印”を奪われてしまう。その際、日番谷が隊を飛び出し行方をくらましてしまう。数日後、傷ついた日番谷が運び込まれた黒崎医院に向かった一護。日番谷は何も語ろうとせず、行き違いの果てに、２人はついに剣を交えるのだった。

仲間を救うため魔王に進化したスライム、リムル＝テンペスト。 彼が仲間と興した魔物の国【魔国連邦（テンペスト）】の 西に位置する【ラージャ小亜国】では、 女王の持つ不思議な力を巡って、長きにわたる陰謀が渦巻いていた。 そしてリムルたちの前に突如現れた“オーガの生き残り”ヒイロ。 リムルの仲間ベニマルたちの兄貴分だったという男との再会。 絶たれていた“紅蓮の絆”がいま、新たな戦いへの導火線となる―。

2045年、草薙素子と公安9課のメンバーたちが新たな脅威に立ち向かってゆく。「攻殻機動隊 SAC_2045」のシーズン1を劇場用に再構成した長編アニメーション。

青春の答えはひとつじゃない。“カスカベ防衛隊”全員で“天カス学園“に入学することを密かに夢見ていた風間くん。しかし、しんのすけはそんな思いを全く知らずに風間君の足を引っ張るばかり。我慢の限界を超えた風間くんは大ゲンカの末に「お前とは絶交だ！」と飛び出してしまう！心配になり探しに出たしんのすけたちは、壊れた時計塔の中で倒れている風間くんを発見！