宇宙世紀0071年。サイド3、ムンゾ自治共和国を脱出して3年。 　ジオン・ズム・ダイクンの遺児であるキャスバルとアルテイシアの兄妹は、ジンバ・ラルと共に地球に逃れ、テアボロ・マス家に身を寄せており、エドワウとセイラという名で平穏に暮らしていた。だが、彼らを追うザビ家の魔の手が、再び迫りつつあるのであった…。 　そのころ、サイド3はジオン自治共和国と国名を変え、ザビ家が実権を掌握し、支配体制を固めつつある一方、地球連邦軍に対抗するための新兵器、モビルワーカーの開発に着手していた。

　宇宙世紀0079年、人類は宇宙ですら戦場に変えてしまった。世界の人口の半数を死に至らしめたブリティッシュ作戦（コロニー落とし）を実行し、突き進むジオン公国軍。それに対し、劣勢を挽回すべく圧倒的な戦力で挑む地球連邦軍。交錯するザビ家の陰謀、変えがたい運命に翻弄されるセイラ・マス、ジオン軍のパイロットとなってしまったランバ・ラルやハモン、サイド７で平穏に暮らすアムロやフラウの日常生活にも暗い影が訪れようとしていた——。 　そして、復讐に駆られたジオン軍のエース、シャア・アズナブルが参加する「ルウム会戦」がついに始まる。