極秘文章「ペールゼン・ファイル」… そこには「異能生存体」と呼ばれる特異遺伝子（不死）の秘密が記されていた。 そこに着目したギルガメス軍　情報省次官　フェドク・ウォッカムは、ファイルにあった「キリコ（主人公）、バーコフ、ゴダン、ザキ、コチャック」の5人をモルモットのごとく過酷な戦場に送り込んでゆく。 そして、百年続いた戦争が終わりを迎えようとする時、両軍の雌雄を決する大作戦が行われようとしていた。 惑星モナド攻略戦…その中心には5人の異能生存体の姿があった…

幕末。ペリー率いるアメリカ艦隊の来航によって、200年余り続いた日本の鎖国は終わりを迎えた。そこに、プチャーチン率いるロシア軍艦「ディアナ号」が来航し、アメリカに続き日本との国交樹立を要求してきた。対応に苦慮した江戸幕府は、外国通の川路聖謨を全権代表に任じ、プチャーチンとの交渉に当たらせた。両者は伊豆・下田において会談したが、互いに譲歩することはなく議論は平行線を辿った。 日露交渉が始まって数日後、伊豆をマグニチュード8,4の大地震「安政東海地震」が襲った。プチャーチンらロシア人は危険を顧みず、津波に流される日本人たちの救助を行ったが、その代償として「ディアナ号」は航行に支障が出る程の被害を受けてしまった。安全な場所での修理を求めるプチャーチンに対し、川路は戸田村での修理を許可した。しかし、「ディアナ号」は嵐に遭遇し座礁してしまう。この時、宮嶋村の村民たちは、ロシア人との接触を禁じた幕府の命令に背き、沈没する「ディアナ号」から多くのロシア人を救出した。 川路は沈没した「ディアナ号」に代わり、新たに洋式帆船を建造することに決め、戸田村の大工・緒明嘉吉に建造を依頼する。嘉吉たちはロシア人たちと共に帆船造りをすることになり、日本人とロシア人との交流が始まった。初めはぎこちなかった両者も次第に心を通わせ、菊三郎ら子供たちもロシア人たちとの交流を楽しむようになっていた。 やがて、日本が初めて手掛けた本格的洋式帆船が完成し、戸田村の人々とロシア人たちの別れの時が来た。プチャーチンは、自分たちのために尽くしてくれた戸田村の人々に感謝と敬意を込めて、船の名前を「ヘダ号」と命名した。

ルパン、次元、五エ門の3人はドイツのプローラに潜入し、かつて日本がナチス・ドイツと同盟を結んでいた当時に友好の証としてアドルフ・ヒトラーへ提供された「地獄如来像」を盗み出す計画を実行。大規模な警備をものともせずに像を盗み出し、銭形の追跡から逃れようとしていた途中、像を狙うモルガーナの戦闘ヘリに襲撃される。ヘリのミサイル攻撃からルパンは辛くも逃げ切るが、銭形は爆炎に巻き込まれてしまい、煙の中から彼のトレードマークの帽子だけが転がり出てきた。後日、銭形の葬儀がしめやかに行われた。ルパン達は自分達なりの方法で銭形の冥福を祈り、再び動き出す。

「偉大なる航路（グランドライン）」での航海を続ける麦わらの一味のもとに、ルフィたちの故郷である「東の海（イーストブルー）」でいくつもの島が襲われているという衝撃的なニュースが飛び込む。一味は旅を中断して「東の海」へ戻ろうとするが、そこに空飛ぶ巨大な海賊船が現れた。その船に乗っていたのは、かつて海賊王ロジャーの時代に暴れていた伝説の大海賊金獅子のシキだった。 ナミの気象センスに目をつけたシキは、ナミを誘拐。ルフィたちはシキの能力によりサニー号と共に空飛ぶ島メルヴィユに落とされ、離散してしまう。メルヴィユは、凶暴な動物たちが住む弱肉強食の世界だった。奪われた仲間を取り戻すため、「東の海」を守るため、海賊王と鎬を削った伝説の男との戦いが始まる。